如何准确适用综合计算工时工作制

案情简介
曹某2013年5月入职上海某贸易公司，工作地点为长沙市雨花区，从事生产物流助理工作。负责水果的加工、销售和仓库管理。每天从早上2点开始工作，包括接单、准备货物、对香蕉加工、向公司汇报情况等，一直工作到中午12点。中午12点到3点，没有即时要处理的工作可以休息。然后从下午4点开始继续工作，包括接受订单、挑选香蕉、写报表记录挑货情况、检查库房并向公司说明运行状况，一直工作到晚上10点。期间每2小时要做一次库房巡查。截止到2016年8月份三年间每天工作时长16小时，且由于长沙地区三年来，只有曹某一员工，无其他员工可以替换，所以全年无休。2016年8月由于公司撤掉长沙仓库，因此，曹某被公司辞退。2017年7月曹某向劳动争议仲裁机构申请劳动仲裁。
1 什么是“综合计算工时工作制”？
我国劳动法律法规规定的工时制度有三种，即：标准工时工作制、综合计算工时工作制和不定时工时制。标准工时工作制，通俗的说就是每日工作8小时，每周工作40小时的工时工作制度。综合计算工时工作制和不定时工时制，在现行《劳动法》中并没有直接表述，而只是在其中第三十九条这样提到：企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。只有在劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》（简称《劳动法若干意见》）第65条、67条用了“综合计算工作时间”和“不定时工作制”的说法，同时给出了概括性定义。而更准确使用“综合计算工时工作制”和“不定时工作制”的是劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（简称《审批办法》）第四条和第五条第一款。
2 用人单位如何正确适用“综合计算工时工作制”
首先，根据《劳动法》第三十九条规定：经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。在《劳动法若干意见》和《审批办法》中也有“需经劳动行政部门批准”同样的表述。由此可见，用人单位要想实行“综合计算工时工作制”的前提条件是要经过行政部门审批，在笔者代理的案件中，涉案企业事实上也是经过人力资源和社会保障部门审批可以按照“综合计算工时工作制”来计算工时的。但是为什么还是会有涉及诉讼呢？往下看。
其次，根据《劳动法若干意见》第65条规定：经批准实行综合计算工作时间的用人单位，分别以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同；以及《审批办法》第五条：企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
根据上述规定，笔者认为：
第一，实行综合计算工时工作制的用人单位，劳动者工作期间和休息期间要有确定性和周期性，以周、月、季、年等为工作周期，一个周期内，可以连续工作，没有法定假日和周六周日的休息日，工作完一个周期后，可以确定而连续不间断的休息一段时间，然后再回到工作岗位，再按照一定的周期性工作和休息。
第二，劳动者在一个周期的工作期间内，以日为工作单位，每日的平均工作时间应与法定标准日工作时间基本相同，即：法律规定日工作时间8小时，周工作时间40小时，月工作时间166.64小时，季度工作时间500小时。
第三，用人单位采取综合计算工时工作制的，还要建立完善的综合计算工时工作制制度，明确哪些岗位、人员适用此种工时制度，明确工作周期，和休息休假周期，调休轮休办法。
笔者代理的案件中用人单位虽然在劳动合同中注明了采取综合计算工时工作制，但是却没有相应的配套制度，没有明确的工作周期和休息周期，加之用人单位长沙地区就曹某一个员工，没有其他工作人员可供调休轮休，因此，用人单位无法证明曹某依法享受了休息休假的权利，用人单位最终将可能承担败诉的风险。
最后，本案的发生较为特殊，实务中也较为少见，但是作为用人单位，在设立一种工时工作制度的时候，一定要注意相关法律规定，不要弄巧成拙，最后还输了官司。