随着我国市场经济的发展，商业秘密愈发关乎企业的生死存亡，侵犯商业秘密案件日益增长。在侵犯商业秘密的司法实践中，认定商业秘密及损失数额的计算往往是主要争议点。
一、商业秘密的认定
（一）侵犯商业秘密的主体
1. 根据侵犯商业秘密的主体是否从事经营
一类是经营者主体。《中华人民共和国反不正当竞争法》第二条第三款规定，经营者是指在从事商品生产、经营或者提供服务的自然人、法人和非法人组织，而侵犯商业秘密行为属于不正当竞争形态之一，因而侵犯商业秘密的主体一般为经营者。
另一类是经营者以外的主体。《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条第二款规定，经营者以外的其他自然人、法人和非法人组织实施侵犯商业秘密行为的，视为侵犯商业秘密，因而侵犯商业秘密的主体还应当包括经营者以外的主体。
2. 根据侵犯商业秘密的主体距侵权源的远近
根据侵犯商业秘密主体离侵权源的远近可将主体分为直接侵权人和间接侵权人。直接侵权人包括以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子入侵或其他不正当手段获取权利人商业秘密的人，也包括披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的人。间接侵权人是相对于直接侵权人而言，是从直接侵权人处获取或再予披露、使用的人。区分直接侵权人和间接侵权人有助于准确判断商业秘密侵权，进而区分间接侵权人的主观状态为善意或恶意。
（二）商业秘密的构成
商业秘密的构成即侵犯商业秘密的客体，信息是否构成商业秘密是商业秘密得到保护的前提。商业秘密，是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息、经营信息等商业信息。该定义为《中华人民共和国反不正当竞争法》对商业秘密的界定比较准确，得到法学理论界的一致赞同。从定义出发，商业秘密的构成要素寓于其中，即商业秘密须具备秘密性、价值性和保密性三个要件。
- 秘密性-不为公众所知悉
秘密性是决定信息是否属于商业秘密的最重要的要素。世界各国及国际条约均要求商业秘密的秘密性，我国法律中描述的“不为公众所知悉”即是对商业秘密之秘密性的要求。此处的“公众”不是传统普遍意义上的社会公众，而是该信息领域工作的人员或可能从该信息利用中取得经济利益的人员，并且要知全、知尽、知透。值得注意的是，将为公众所知悉的信息进行整理、改进、加工后形成的新信息，符合其他条件的，应当认定该信息具有秘密性。因此，秘密性是商业秘密区别于其他信息最根本的属性。 - 价值性-具有“商业价值”
商业秘密的价值性，是指商业秘密通过现在或将来的使用，能够给权利人带来现实或潜在的经济价值，其最本质的特征是所有人因掌握该商业秘密而具备相对于未掌握该商业秘密的竞争对手的竞争优势。而信息的具体和确定是讨论商业秘密价值性的前提，只有具体确定的商业秘密才能给权利人带来竞争优势，不论该商业秘密给权利人带来的是巨大或是有限的利益和优势，还是对于权利人而言是持续性的价值或是一次性的价值。 - 保密性-采取了“保密措施”
实践中，在认定权利人是否对信息采取保密措施采取主客观相结合的判断标准，主要从以下几个方面认定：
（1）经营者对采取的保密措施是明知的；
（2）涉密信息载体上有保密标识；
（3）签订保密协议；
（4）保密措施应当达到阻止他人通过正当方式轻易获取信息的最低程度，在正常情况下足以防止涉密信息泄露；
（5）保密措施能够被负有保密义务的人识别；
（6）保密措施与商业秘密的商业价值、重要程度相适应。
二、损失数额计算
（一）入罪数额
《中华人民共和国刑法》第二百一十九条规定，侵犯商业秘密行为情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。虽《刑法修正案（十一）》对将侵犯商业秘密罪的入罪条件由“给权利人造成重大损失”改为“情节严重”。但实践中“重大损失”这一提法仍是入罪条件。
2020年9月4日起施行的《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（三）》将三种情形认定为“重大损失”：第一，给商业秘密的权利人造成损失数额或者因侵犯商业秘密违法所得数额在三十万以上的；第二，直接导致商业秘密的权利人因重大经营困难而破产倒闭的；第三，造成商业秘密的权利人其他重大损失的。此外，还规定了给商业秘密的权利人造成损失数额或者因侵犯商业秘密违法所得数额在二百五十万以上的，认定为“造成特别严重后果”。
（二）计算方式
实践中，计算重大损失的方式多种多样，权利人损失、侵权人违法所得和研发成本是采用较多的方式，许可使用费采用较少，也有少数叠加计算损失选其二或其三。总体来看，商业秘密损失的计算方式多样，没有统一的标准和适用顺序。以下就单个计算方式先进行分析。
1. 权利人损失的计算
权利人的损失数额按照产品因侵权造成销量减少的总数乘以权利人单位产品的合理利润来确定。因侵犯商业秘密罪所保护的法益是市场经济秩序，侵权产品挤压了原本属于权利人的市场份额，相关产品销量的减少即为权利人的损失。
实践中权利人产品减少的数量往往不易查清，因权利人的经营状况不仅受侵权产品销售的影响，也受到其他因素的影响，如宏观经济、自身管理水平及疫情等多种因素，甚至在个别情况下存在权利人销量不减反增的情形。故在权利人减少的销量难以查清的情况下，以侵权产品的销量作为计算损失数额的基础，也能合理解决实践中侵权人往往低价销售侵权产品而直接采用侵权产品销量乘以每件侵权产品的合理利润会导致少计算很多损失，采用此种递进式的计算方式，即先采用权利人因侵权产品减少的销量，在无法查清的情况下，再采用侵权产品的销量的计算顺序，充分体现了立法的本意“给商业秘密的权利人造成重大损失”。 - 侵权人违法所得的计算
侵权人违法所得按照侵权产品的销售总数乘以侵权产品的合理利润计算。公安机关在侦查过程中，除查扣侵权产品外，也较注重对侵权人的财务账簿等资料的收集，即使侵权产品的合理利润因为财务账簿不完整等原因无法确定的，也可参照同行业平均利润率来计算。相较于权利人的损失，侵权人违法所得的数额更容易查清，因而实践中采取此种计算方式计算损失的最多。 - 许可使用费
在权利人的损失数额或侵权人违法所得数额难以确定的情况下，可以根据商业秘密许可费计算损失数额。适用许可使用费计算侵犯商业秘密损失有两个前提：一是有合理的许可使用费可供参考；二是侵犯商业秘密的行为未导致权利人的商业秘密被公开。
商业秘密的许可分为独占许可、排他许可和普通许可。在计算侵犯商业秘密损失数额时应采用普通许可计算。在商业秘密被侵犯但还未被公众所知悉的，权利人仍然可以继续使用商业秘密进行生产、经营和获益，权利人的损失其实就相当于侵权人的一份普通许可使用费。 - 研发成本
商业秘密只有其在失去秘密性，为公众所知悉，即真正失去其经济价值时，才能够以商业秘密的研发成本计算损失。
研发成本主要包括研发费用和产品成本，研发费用包括开发、测试和人工费用等，产品成本包括采购材料和制作费用等。相较于计算权利人的损失数额和侵权人违法所得，研发成本只需权利人举证和经过评估得出数额。在实务中，研发成本的确定往往借助于鉴定机构的专业鉴定进行，司法机关对鉴定进行审查。
综上，认定侵犯商业秘密罪的损失数额时，优先采取权利人损失数额、侵权人违法所得来计算损失数额，前两种计算方式无法确定的情况下，在该商业秘密尚未被公众所知悉时，采取该商业秘密普通许可使用费的计算方式，在该商业秘密为公众所知悉失去其秘密性的根本属性时，以商业秘密的研发成本计算损失。