阴阳合同争议解决条款约定有别引争议

案情：
2010年10月14日，申请人与被申请人签订了《建设工程施工合同》，在施工过程中，被申请人采用汇票背书形式向申请人支付工程款20万元（被申请人非出票人）。后申请人的票据行为后手发现该两张汇票经姜堰市人民法院除权判决，其通过调解书的形式和申请人达成和解，并将票据退回申请人。现申请人依据合同中的仲裁条款向济南仲裁委员会申请仲裁，请求被申请人向其支付20万元工程款。
仲裁委受理该案以后，被申请人随即提出管辖权异议。其称申请人与被申请人签订《建设工程施工合同》（阳合同）后，双方又另行签订《施工合同》（阴合同），阴合同约定：协商不成，依法向工程所在地的人民法院起诉。且双方于2012年3月12日签署协议说明，约定2010年10月14日签订的阳合同是为了办理施工许可手续而制作的备案资料，对双方没有任何约束力。施工所有事项，均执行招标文件以及签订的阴合同。
仲裁庭注意到，阳合同为双方当事人在2010年10月14日签订，双方对此均无异议。阴合同虽然上面没有填写签订日期，但根据双方2012年3月12日签订的协议（上面加盖申请人法定代表人印章及双方合同专用章）来看，阴合同签订时间在后，且上面加盖双方合同专用章，并有申请人法定代表人签章及被申请人委托代理人签字，形式完备。仲裁庭认为，由于被申请人提出管辖权异议，在仲裁庭开庭之前，应先对管辖权问题进行仲裁庭调查。但在仲裁庭调查过程中，申请人不对阴合同及双方2012年3月12日签订的协议进行表态，被申请人也未能将阴合同原件带来，双方均未正面回答仲裁庭提出的问题，故本案暂时休庭，庭后双方达成中止协议，后双方和解，申请人撤回仲裁申请。
争议焦点：
本案管辖权异议的争议焦点是双方签订阴阳合同，约定管辖权不同。并且双方另签协议明确表示有仲裁协议的阳合同对双方不具约束力，应该以哪个合同认定管辖权的问题。
案情分析：
申请人立案时提交的是阳合同，即有仲裁条款的合同，并依据此合同向被申请人所要工程款。由于仲裁委立案时不做实体审查，且该合同中存在仲裁条款，故予以立案。立案后被申请人提出管辖权异议，作为管辖权异议的依据，其提交阴合同及协议，证明双方在签订阳合同后，又另行签订阴合同，并签署协议，约定阳合同对双方没有约束力，双方履行阴合同。
“阴阳合同”其概念主要明确于《招标投标法》颁行之后。“阳合同”为招标人（建设单位）、中标人（施工单位）按照《招标投标法》的规定，依据招投标文件签订的在建设工程管理部门备案的建设工程施工合同。其主要特点为：经过合法的招投标程序，该合同在建设行政管理部门备案，形式合法。与之相反，“阴合同”是双方为规避政府管理，私下签订的建设工程施工合同，该合同未在建设行政管理部门备案。其与“阳合同”相对比，主要特点为：在建设行政管理部门未进行备案或变更登记。
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”这为司法实践中处理此类纠纷统一了法律尺度。但事实上，该条款只是说阴合同在与阳合同实质性内容不一致的，应当以阳合同作为结算工程价款的根据，并没有直接否认阴合同的效力，更没有明确表示阴合同中其他条款对于阳合同的影响。对于该案，笔者认为，从双方签订的第三份协议来看，阴合同虽然签订时间在后，但它和双方2012年3月12日签订的协议违反了《招标投标法》第四十六条：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”的强制性规定。《招标投标法》明确规定招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议，而其中所谓的“实质性内容”可以参照《合同法》第三十条的规定：“承诺的内容应当与要约的内容一致。受要约人对要约的内容作出实质性变更的，为新要约。有关合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等的变更，是对要约内容的实质性变更。”可见，抛开阴合同其他条款不说，单说变更争议解决条款，就足以构成对合同的实质性内容的变更。所以就本案的合同来说，阴合同及双方后签订的协议均应当认定为无效。但《合同法》第五十七条同时规定：“合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关争议解决方式的条款的效力”，并且《合同法》本身的立法理念是最大限度保护合同当事人缔约自由和意思自治原则，合同内容应是双方当事人真实的意思表示。本案中，双方当事人虽然先订立了阳合同，并将其作为备案资料，但是备案只是一种行政行为。而双方当事人在签订阳合同后，又另行签订阴合同，并另外达成协议，约定阳合同对双方当事人没有约束力，且双方在施工中实际按照阴合同履行。根据《合同法》第七十七条规定：“当事人协商一致，可以变更合同”，双方签订阴合同及补充协议的行为，应当认定为双方协商一致，对原合同的变更。这种变更，直接影响到原合同的争议管辖条款。也就是说，双方经协商，将争议解决的方式由仲裁变更为了“依法向工程所在地的人民法院起诉”。本案中虽然阴合同为无效合同，但由于争议解决条款的独立存在、阴合同签订在后且实际履行以及双方2012年3月12日签订的协议等因素，可以确定法院管辖为双方真实意思表示，据此，双方的争议解决方式应当按照阴合同的争议解决方式解决，即济南仲裁委员会对本案没有管辖权。