相隔两地的模具开发争议怎么办

调解过程
案件背景：A地的X公司与B地的Y公司签订《模具开发合同》，约定由Y公司为X公司加工生产模具类产品，因种种原因，Y公司在收到X公司支付的预付款后，未依约完成模具类产品的制造、装配及内部验证等工作，同时其完成的模具类产品经过试模，其试模的产品也达不到样品图纸的参数要求而引发纠纷。
X公司主张：
一、解除双方签订的《模具开发合同》；
二、Y公司向X公司返还全部预付款；
三、Y公司向X公司支付违约金；
四、Y公司向X公司支付预付款的资金占用损失。
Y公司主张：
一、模具未开发成功是因为没有所需设备，系双方的责任；
二、多次试模、邮寄样品已耗费大量成本；
三、模具是具有技术性、特定属性的定制产品不能退。
问题症结：
一、模具未开发成功应归责于谁？
二、研发失败的2台模具归属于谁？
三、Y公司是否应退还全部预付款，并承担违约责任？
调解中遇到多重困难：
01第一重
因为X公司在外省，距离较远且遇上疫情，不便前往Y公司现场查看，其委托代理人考虑到出行不便及案件复杂性，调解意愿强烈，但Y公司主张系双方的责任，不同意退还预付款，其法定代表人更倾向于直接开庭；
02第二重
在给Y公司法定代表人及委托代理人分析了案件所涉及的利弊关系、客观情况、可能出现的结果类型后，Y公司经全体股东同意终于表示愿意调解，但两家公司对研发失败的2台模具归属问题争执不下，经了解，模具虽然研发失败，但其价值依旧比较高；
03第三重
经与双方多次沟通协调，模具的归属与预付款的退还比例结合考虑，双方均表示能接受，但Y公司对于在研发过程中多次试模、邮寄样品所支出的成本提出异议，主张应由双方共同承担；
04第四重
因两公司距离问题，模具的运输成本较高，考虑到履行及执行的便利性和可操作性，建议双方在都能接受的情况下调解方案尽可能确认为具体金额；
05第五重
在反复沟通调解，确认了调解款金额后，双方又对开票问题产生了争议，X公司要求开具已经支付金额扣除调解款金额后的增值税发票，Y公司主张合同解除的情况下，已经产生重大损失，开票会产生高额的税点，如果要开具，调解款金额需要重新协商。
结局：在坚持不懈地努力下，双方委托代理人均和各自的法定代表人进行了多番沟通与解释说明，同意各承担一半的税点金额，适当调整了调解款金额后终于调解成功。调解结果：解除双方的《模具开发合同》；研发失败的2台模具归Y公司所有；Y公司退还X公司53%的预付款并开具47%预付款金额的增值税发票。