纵览《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》（以下简称“《解释二》”），主要包括五个方面的内容：
一、发包人与承办人之间合同无效情形及相关责任分配。
二、合同履行相关问题：工期、质量不合格损失、质保金退还。
三、结算与鉴定。
四、工程价款优先受偿权。
五、实际施工人权利的保护。
以下结合以上主题，将具体条文略有打乱，做一一解读。
一、发包人与承办人之间合同无效情形及相关责任分配。
第一条招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。
本条的法律依据是《招标投标法》第四十六条第一款1的规定。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称“《解释一》”）第一条规定的无效情形：（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。《解释（一）》第二十一条也规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。但是除了结算之外的其他内容，对黑白合同2其他内容的适用问题，并未进行明确。《解释二》第一条在《解释（一）》第一条第（三）项、《解释一》第二十一条的基础之上，对黑合同对白合同的除结算之外的其他实质性变更，均进行了否定。
本条规定确认了存在实质性变更时，以白合同为准，并进一步厘清了实质性变更的范围：第一款确定了工程范围、建设工期、工程质量、工程价款属于实质性内容，对实质性内容进行变更的，应以白合同作为结算依据；第二款特别强调了高价购买等情况属于实质性变更，且当事人可以请求确认该等约定无效。
从维护招投标公平公正的角度，本条内容无可厚非。但是从实务角度来看，建设工程合同的内容纷繁，履行过程周期长，变化多，对工程范围、建设工期、工程质量甚至工程价款进行变更的情况屡见不鲜。譬如，施工过程中，因发包人的设计变更、建设工程规划指标调整等客观原因，发包人与承包人以补充协议、会议纪要甚至签证等变更工程范围的，则不应当认定为背离中标合同的实质性内容的协议。在实务操作中，如何认定哪些是客观调整，哪些是有意规避招投标设置的条件，依然是难题。
本条规定，相较《解释一》第一条对合同无效情形的规定，在明确性方面相对差一些，在“实质性内容不一致”上给了各级法院更多的自由裁量权。司法解释的功能之一就是明晰法律，指导各级法院适用法律。《解释二》第一条严肃招投标制度、维护招投标制度的公平公正的意图是值得尊重，但是在明晰法律，指导各级法院适用法律层面可能有所欠缺。
虽然本条第二款规定都是承包人在中标合同之外，另行签订协议额外给发包人好处的约定无效。但是在实践中，在必须走招投标的情况下，承包人为了保证先中标，先通过低价中标，再通过签证等形式提高工程价款的情形较为常见。按照本条规定，双方签了黑合同之后，发包人如果按照黑合同履行，则问题不大。但是如果发包人想反悔，则本条给了发包人武器。因此，按照本条规定，承包人低价中标所带来的风险大大增加。
结合《解释一》、《解释二》，导致建设工程合同无效基本分四种：1、资质问题；2、招投标问题；3、转包、违法分包问题；4、办证问题（《解释二》第四条）。
第九条发包人将依法不属于必须招标的建设工程进行招标后，与承包人另行订立的建设工程施工合同背离中标合同的实质性内容，当事人请求以中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应予支持，但发包人与承包人因客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化而另行订立建设工程施工合同的除外。
第十条当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应予支持。
第九条与第十条一脉相承，一起解读。
第九条的内容与《解释二》第一条的精神一脉相承——维护招投标制度的严肃性及公平公正性。如上所述，承包人以往通过黑白合同，通过低价中标，再通过补充合同、签证等形式变更合同价格，这样的模式在《解释二》出台之后，对承包人来讲将面临极大的风险。
第十条值得注意的是，建设工程施工合同与中标文件中不一致的部分，仅有工程范围、建设工期、工程质量、工程价款四项应该以中标文件为准，其他内容不一致的，应具体问题具体分析。
第九条实践适用过程中可能面临的问题：中标合同本身无效的情况下，黑合同如何处理？从逻辑推理上来看，由于本条约定的是依法不属于必须招标的建设工程，那么中标合同本身无效的情况下，黑合同本身并不一定无效。但是如果认定黑合同有效且按照黑合同执行，显然与维护招投标制度的理念不符。因此具体如何适用，还有待进一步观察。
第十一条当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。
实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。
本条是对《解释一》第二条3的补充，也是对《解释二》第一条、第十条所涉问题（即黑白合同均无效问题情况下如何处理）的一种解答。《解释一》第二条确定的原则是，建设工程施工合同无效，但工程最终验收合格的，承办人可以请求按照合同约定支付工程款。由于《解释二》中载明了招投标文件与黑合同（可能存在多份）的冲突，则存在招投标文件（违反招投标法及相关规定）与黑合同（可能存在多份）都无效的情形，包括此种情况在内的多份合同均无效的情形如何履行，则可以按照本条执行，即当事人有约定的可以参照约定结算：先是参照实际履行的合同约定，难以确定的，参照最后签订的协议。由此可见，在工程质量合格的情况下，即使合同无效，按照本条规定，在工程价款结算方面，结合《解释一》第二条的规定，在方法论上有了明确的路径。
但是本条使用了“建设工程质量合格”这一概念，并未使用《解释一》中使用的“建设工程经竣工验收合格”这一概念，在实践适用过程中可能又将存在一定的争议。譬如，在合同无效的情况下，建设工程并未完工，但是已建设部分确实质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同中约定的结算节点，结算已经具备付款条件的建设工程价款的，人民法院是否应予支持？按照文意解释来看，此种情况下应该支持承包人的诉求。另外，如何确定“实际履行的合同”，司法实践中可能也会存在诸多争议。
第二条当事人以发包人未取得建设工程规划许可证等规划审批手续为由，请求确认建设工程施工合同无效的，人民法院应予支持，但发包人在起诉前取得建设工程规划许可证等规划审批手续的除外。
发包人能够办理审批手续而未办理，并以未办理审批手续为由请求确认建设工程施工合同无效的，人民法院不予支持。
根据《土地管理法》、《城乡规划法》、《建筑法》的相关规定，在我国进行工程建设，一般应当取得国有土地使用权证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证和建设工程施工许可证。办理四证一般的顺序是：先发改委立项——土地交易中心签订土地出让合同——持立项、合同到规划局办理建设用地规划许可证——国土局办理国有土地使用证——规划局办理建设工程规划许可证——建委办理建设工程施工许可证——开工建设。
这个顺序可以解释《解释二》第二条第一款中仅约定了“建设工程规划许可证”，因为能够办理建设规划许可证就意味着已经取得建设用地规划许可证和国有土地使用证了。办理了建设工程规划许可证，承包人就可以到建委办理建设工程施工许可证，之后就可以开工了。
鉴于这一条的规定，在实务操作中，无论作为发包人还是承包人的律师（尤其是承包人律师），在起草或者审阅建设工程类合同时，均需要核实或者提示核实建设工程规划许可证的办理情况。
最后，《解释二》第二条又给本来处于优势地位的发包人一条对付承包人的利剑。主要体现在如下几个方面：第一，办理建设工程许可证的主体是发包人，是否办理，什么时候办理，决定权在发包人，签订合同时不办理，承包人一般也会签订合同；第二，使用这一条的主体，可以预见，多数应该是发包人，承包人除非迫不得已，一般不会利用这一条主张建设工程合同无效的；第三，这一条约定的补证节点是起诉前，承包人在实务案件中拖时间补证的机会都没有；第四，合同无效的后果是赔偿损失，而承包人在现行法律体系下主张缔约损失，是相对困难的。
第三条建设工程施工合同无效，一方当事人请求对方赔偿损失的，应当就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。
损失大小无法确定，一方当事人请求参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失大小的，人民法院可以结合双方过错程度、过错与损失之间的因果关系等因素作出裁判。
《解释二》第三条可以与《解释一》第二条、第三条合并起来阅读（当然，《解释二》第三条的范围宽于《解释一》第二条、第三条）。《解释一》第二条、第三条约定了合同虽然无效，但是工程已经竣工的情况下的处理方式。工程竣工后验收合格的（或修复后合格），合同价格条款做有效化处理。在工程质量不合格的情况下，《解释一》除了规定了工程价款不予支持外，损失赔偿问题并未厘清。按照本条规定，在合同无效的情况下，工程质量不合格的，即启动损失赔偿程序。尤其是对承包人来说，只有通过损失赔偿才能全部或者部分弥补损失。
对于损失赔偿问题，本条秉承《合同法》及相关司法解释的一贯原则：以实际损失为依据，按照过错比例分配责任。无论是《解释一》第三条第二款4还是本条规定，均是遵循这一原则。在损失无法确定时，虽然合同无效，但是根据本条规定，人民法院在审判时可以参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失，进行审判。无效合同有效化趋势进一步发展。
具体的损失主张，虽然有上述规定，但是具体如何操作，需要在具体案件中进一步观察。这里只讨论工程款利息损失。按照《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与使用》5中的观点，认为在合同无效后，承包人请求发包人支付工程款并获得支持的，才有工程款利息损失；合同无效后，承包人无权请求发包人支付工程款或者请求发包人支付工程款但未获得支持的，就没有工程款利息损失。
结合以上内容，可以看出，承包人在所有合同都无效的情况下主张对价的方式无非两种：一种是无效合同有效化，在工程质量合格的情况下，参照实际履行的合同或者最终签订的合同主张；在工程质量不合格的情况下，则只能依照本条规定主张赔偿损失，但是损失无法确认时，人民法院在审判时可以参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失，进行审判。无效合同有效化趋势进一步发展。
第四条缺乏资质的单位或者个人借用有资质的建筑施工企业名义签订建设工程施工合同，发包人请求出借方与借用方对建设工程质量不合格等因出借资质造成的损失承担连带赔偿责任的，人民法院应予支持。
本条接着第三条讨论损失赔偿问题，只是在讨论具体情况下的损失赔偿问题。由于我国对建筑企业有比较复杂的资质管理制度，而我国建设工程项目的类型又非常多，能够按照资质管理制度获得相应的资质并且严格按照资质管理制度承接工程项目的建筑企业极少。市场上存在大量通过挂靠方式获得建筑资质以承接工程项目的情形。譬如一个拥有一级资质的企业，不太可能去接一个小工程项目，这个情况下，拥有资质的企业希望和一个小的工程队合作承接项目，有资质的企业留一部分费用后将主要的对价留给工程队；同理，有实际施工能力，未获得相应资质的企业，在承接项目时，也需要挂靠在具备资质的企业下承接项目。市场上有一些拥有建筑资质的企业，依靠出借资质收取管理费获利。
《解释一》第一条第（二）项已经明确没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的签订的建筑工程合同无效。《解释一》第二十五条也规定：因建设工程质量发生争议的，发包人可以以总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼。确保发包人可以将挂靠人和被挂靠人均起诉至人民法院。但是在借用资质的情况下，工程质量不合格的法律后果由谁承担。在本条规定出台之前，最高人民法院司法解释层面却一直没有明确规定，各地法院的做法也不尽相同。
江苏省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的意见》(2008年)第二十五条：挂靠人以被挂靠人名义订立建设工程施工合同，因履行该合同产生的民事责任，挂靠人与被挂靠人应当承担连带责任。
《北京市高级人民法院审理民商事案件若干问题的解答之五(试行)》第四十七条：在建筑行业的挂靠经营中，挂靠者以被挂靠者的名义从事对外经济活动的，被挂靠者是否承担民事责任?
合同相对人同时起诉挂靠者和被挂靠者的，如果合同相对人对于挂靠事实不明知，由挂靠者与被挂靠者承担连带民事责任；如果合同相对人对于挂靠事实明知，首先由挂靠者承担责任，被挂靠者承担补充的民事责任。
合同相对人只起诉被挂靠者的，被挂靠者对外应先行承担民事责任。在被挂靠者对外承担责任的范围内，被挂靠者对挂靠者享有追偿权。
现在依据本条规定，有资质的企业对外出借资质将面临直接的风险，管理费越来越难收。
另外，值得注意的是，本条归责基础是共同侵权责任，而非违约责任，亦非缔约过失责任。
二、合同履行过程中相关问题的确认。
（一）工期
第五条当事人对建设工程开工日期有争议的，人民法院应当分别按照以下情形予以认定：
（一）开工日期为发包人或者监理人发出的开工通知载明的开工日期；开工通知发出后，尚不具备开工条件的，以开工条件具备的时间为开工日期；因承包人原因导致开工时间推迟的，以开工通知载明的时间为开工日期。
（二）承包人经发包人同意已经实际进场施工的，以实际进场施工时间为开工日期。
（三）发包人或者监理人未发出开工通知，亦无相关证据证明实际开工日期的，应当综合考虑开工报告、合同、施工许可证、竣工验收报告或者竣工验收备案表等载明的时间，并结合是否具备开工条件的事实，认定开工日期。
本条可以与《解释一》第十四条6一同阅读，这两条结合在一起，即为建设工程合同的一个重要概念——工期。《解释一》第十四条规范了确定竣工日期的认定问题，本条规范了开工日期的认定问题。一般合同都会约定工期，超过工期，承包人需要支付违约金，且可能承担其他责任。
根据本条内容（尤其第二项），从承包人的角度，务必确保具备开工条件后再进场开工。任何情况下，发现不具备开工条件的，及时通知发包人及监理方。
另外，本条第二项在实际适用过程中可能会面临一些问题。第一，“经发包人同意”可能存在难以证明的问题，实践中承包人出入施工场地比较随意，一般少有书面证据留存；第二，如何认定“进场施工”，可能也有一定的难度，实践中承包人进场为施工做相应的准备也是正常现象，但是是否构成“进场施工”，存在认定上的困难。
第六条当事人约定顺延工期应当经发包人或者监理人签证等方式确认，承包人虽未取得工期顺延的确认，但能够证明在合同约定的期限内向发包人或者监理人申请过工期顺延且顺延事由符合合同约定，承包人以此为由主张工期顺延的，人民法院应予支持。
当事人约定承包人未在约定期限内提出工期顺延申请视为工期不顺延的，按照约定处理，但发包人在约定期限后同意工期顺延或者承包人提出合理抗辩的除外。
本条接着说工期。如上所述，承包人超过工期，需要承担违约责任。在超过工期的情况下，认定工期是否顺延，至关重要。按照本条规定，认定工期是否顺延的标准是：首先，合同有约定从约定，无论是关于工期顺延申请的约定，还是申请顺延事由的约定，都以约定为准；其次，承包人按照合同约定申请了顺延且顺延事由符合合同约定的，无论是否获得确认，人民法院均认可工期顺延成立，相反如果顺延申请或者申请事由不符合约定的，承包人又不能提出合理抗辩的，人民法院极可能认为工期顺延不成立；最后，承包人如果获得了发包人或监理单位的工期顺延的确认的，毫无疑问构成工期顺延。
（二）质量不合格相关损失、质保金返还
第七条发包人在承包人提起的建设工程施工合同纠纷案件中，以建设工程质量不符合合同约定或者法律规定为由，就承包人支付违约金或者赔偿修理、返工、改建的合理费用等损失提出反诉的，人民法院可以合并审理。
本条可以与第三条结合阅读。第三条讲了工程质量无效情况下主张损失及判定规则，私以为第三条主要是给承包人的；则本条显然是给发包人的。
针对建设工程施工合同中的本诉、反诉问题，就我们的经验，人民法院早已将合同中涉及的工程款、违约金等问题合并审理。本条是对司法实践的一种总结及明确。
在司法实践中，经常出现发包人只是提出减少工程款、在应付工程款中扣除违约金及其他损失的抗辩，并不提起反诉，这种情况下，如何处理？本条貌似并未解决。
根据法理，因质量问题发包人主张不付或减少工程款属于抗辩；要求支付违约金、赔偿修理、返工、改建的合理费用等损失则属于需要另行提起的诉求，如果与本诉同时提起，则属于反诉，依照本条人民法院可以合并审理。当然，发包人也可以选择另行起诉。
第八条有下列情形之一，承包人请求发包人返还工程质量保证金的，人民法院应予支持：
（一）当事人约定的工程质量保证金返还期限届满。
（二）当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年。
（三）因发包人原因建设工程未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起当事人约定的工程质量保证金返还期限届满；当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起满二年。
发包人返还工程质量保证金后，不影响承包人根据合同约定或者法律规定履行工程保修义务。
本条规定在住房城乡建设部、财政部发表的《建设工程质量保证金管理办法》的基础上规范了工程质量保证金的返还期限。一般而言，建设工程合同中会约定工程质量保证的期限，期限届满，承包人即可以要求发包人支付工程质量保证金。因此，本条第（一）项很好理解。
本条第（二）项约定了合同没有约定质量保证期限的情况下，质保金返还的期限限制，即“自建设工程通过竣工验收之日起满二年”。
本条第（三）项是对“竣工验收”不正常情况下，质量保证金的返还期限进行了明确：因发包人原因未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起当事人约定的工程质量保证金返还期限届满。这一句读起来一直觉得有点问题，需要和大家探讨一下。初读这一句的意思，是因发包人原因未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告之日过九十日后，当事人约定的工程质量保证金返还期限届满。即使当事人约定的工程质量保证金返还期限还没届满，符合这一规定的情况下，按照规定强行届满，以此来敦促发包人及时按照约定进行竣工验收。但是多次读了这个条文，以及联系第二项、第三项第二句以及《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与使用》第188页的内容，这一句的意思应该是：因发包人原因未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后开始起算当事人约定的工程质量保证金返还期限，直至约定的保证金返还期限届满；如果当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起满二年。
不知道是笔者的理解有问题，还是这个条文规定有问题。本条第（三）项读起来有些费解。
1.《招标投标法》第四十六条第一款：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
2.所谓“黑白合同”是指：当事人签订两份合同，其中一份是经过招投标程序、并经政府部门备案的“白合同”，另一份是为规避监管、对白合同进行了变更、也往往是当事人实际履行的“黑合同”。
- 《解释一》第二条：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
4.《解释一》第三条第二款：因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任 - 《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与使用》，人民法院出版社，第87页。
6.《解释一》第十四条：第十四条当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：
（一）建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；
（二）承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期；
（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。