（一）环境损害司法鉴定技术依据
为了规范鉴定机构在环境损害司法鉴定过程中的技术标准，国务院各部门陆续发布了不同的技术性规范，鉴定机构在进行环境损害司法鉴定过程中应予以遵照执行，具体技术标准见下表：
序号 | 发布单位 | 标准名称 | 发布时间 （年月日） | 实施日期 （年月日） |
1 | 农业农村部（原农业部） | NY/T 398农、畜、水产品污染监测技术规范 | 2000.8.30 | 2000.12.1 |
2 | 生态环境部（原国家环境保护总局、原环境保护部） | GB 3838地表水环境质量标准 | 2002.4.28 | 2002.6.1 |
3 | 生态环境部（原国家环境保护总局、原环境保护部） | HJ/T 91地表水和污水监测技术规范 | 2002.12.15 | 2003.1.1 |
4 | 生态环境部（原国家环境保护总局、原环境保护部） | HJ/T 166土壤环境监测技术规范 | 2004.12.09 | 2004.12.9 |
5 | 自然资源部（原国家海洋局） | HY/T 095海洋溢油生态损失评估技术指南 | 2007.4.9 | 2007.5.1 |
6 | 农业农村部（原农业部） | NY/T 1263农业环境污染事故损失评价技术准则 | 2007.4.17 | 2007.7.1 |
7 | 生态环境部（原环境保护部） | GB 3096 声环境质量标准 | 2008.8.19 | 2008.10.1 |
8 | 农业农村部（原农业部） | NY/T 1669 农业野生植物调查技术规范 | 2008.8.28 | 2008.10.1 |
9 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 589 突发环境事件应急监测技术规范 | 2010.10.19 | 2011.1.1 |
10 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ630 环境监测质量管理技术导则 | 2011.9.8 | 2011.11.1 |
11 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 627 生物遗传资源经济价值评价技术导则 | 2011.9.9 | 2012.1.1 |
12 | 云南省质量技术监督局 | DB53/T 391-2012自然保护区与国家公园生物多样性监测技术规程 | 2012.3.15 | 2012.5.1 |
13 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 25.4 污染场地土壤修复技术导则 | 2014.2.19 | 2014.7.1 |
14 | 司法部司法鉴定管理局 | SF/Z JD0601001农业环境污染事故司法鉴定经济损失估算实施规范 | 2014.3.17 | 2014.3.17 |
15 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 710.1-HJ710.11 生物多样性观测技术导则 | 2014.10.31 | 2015.1.1 |
16 | 自然资源部（原国土资源部）、水利部 | GB/T 14848 地下水质量标准 | 2017.10.14 | 2018.5.1 |
17 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ/T 194 环境空气质量手工监测技术规范 | 2017.12.29 | 2018.4.1 |
18 | 农业农村部（原农业部） | GB/T 21678 渔业污染事故经济损失计算方法 | 2018.6.7 | 2019.1.1. |
19 | 生态环境部（原环境保护部） | GB 15618-2018 农用地土壤污染风险管控保准（试行） GB 36600-2018 建设用地土壤污染风险管控保准（试行） | 2018.6.22 | 2018.8.1 |
20 | 生态环境部（原环境保护部 | GB 3095 环境空气质量标准 | 2018.8.13 | 2018.9.1 |
21 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 25.1-2014 场地环境调查技术导则 | 2014.2.19 | 2014.7.1（2018年11月19日生态环境部对该标准进行修改并征求意见） |
22 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 25.2-2014 场地环境监测技术导则- | 2014.2.19 | 2014.7.1（2018年11月19日生态环境部对该标准进行修改并征求意见） |
23 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 25.3-2014 污染场地风险评估技术导则 | 2014.2.19 | 2014.7.1（2018年11月19日生态环境部对该标准进行修改并征求意见） |
24 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 25.4-2014污染场地土壤修复技术导则 | 2014.2.19 | 2014.7.1（2018年11月19日生态环境部对该标准进行修改并征求意见） |
25 | 生态环境部（原环境保护部 | HJ 682-2014 污染场地术语 | 2014.2.19 | 2014.7.1（2018年11月19日生态环境部对该标准进行修改并征求意见） |
26 | 生态环境部（原环境保护部 | 污染地块风险管控与土壤修复效果评估技术导则（试行） | 2018.12.29 | 2018.12.29 |
27 | 生态环境部（原环境保护部） | HJ 298 危险废物鉴别技术规范 | 2019.11.12 | 2020.1.1 |
28 | 生态环境部 | HJ/T 164地下水环境监测技术规范 | 2020.12.1 | 2021.3.1 |
（二）环境损害司法鉴定意见的形成
人民法院委托环境损害司法鉴定的，应当及时组织诉讼当事人对鉴定材料进行质证，经质证无异议的鉴定材料应及时提供给鉴定机构。司法鉴定机构收到鉴定材料后，应当对委托鉴定事项、鉴定材料等进行审查，对属于本机构司法鉴定业务范围、鉴定用途合法、提供的鉴定材料能够满足鉴定需要的，应当受理司法鉴定委托；对于鉴定材料不完整、不充分，不能满足鉴定需要的，司法鉴定机构可以要求委托人补充，经补充后能够满足鉴定需要的，亦应当受理。上述是否受理的决定，应当自司法鉴定机构收到委托之日起七个工作日内作出。但对于复杂、疑难或者特殊鉴定事项的委托，司法鉴定机构可以与委托人协商决定受理的时间。司法鉴定机构最终决定受理鉴定委托的，应当及时与委托人签订司法鉴定委托书，明确双方权利义务。
根据《司法鉴定程序通则》，司法鉴定应是在诉讼活动中启动和进行的。然而，环境污染具有易逝性等特点，若必须进入诉讼后才能启动环境损害司法鉴定，可能会出现实际鉴定时客观环境已经发生变化，最终导致鉴定机构无法做出准确鉴定结论的情形，影响案件的正常审理。根据《环境民事公益诉讼案件解释》第八条的规定，提起环境民事公益诉讼应当提交下列材料：（一）符合民事诉讼法第一百二十一条规定的起诉状，并按照被告人数提出副本；（二）被告的行为已经损害社会公共利益或者具有损害社会公共利益重大风险的初步证明材料；（三）社会组织提起诉讼的，应当提交社会组织登记证书、章程、起诉前连续五年的年度工作报告书或者年检报告书，以及由其法定代表人或者负责人签字并加盖公章的无违法记录的声明。可见，提起环境民事公益诉讼，需要在起诉时提供初步证明材料，而该类诉讼中涉及的有关环境损害赔偿数额、环境修复方案或因果关系等问题，往往需要借助专业机构出具的司法鉴定意见予以证明。故司法实践中，原告往往会在起诉前便委托有资质的第三方机构对相关专业性问题进行鉴定，以满足立案要求。
环境损害司法鉴定涉及7大领域47个分领域，涉及学科范围广泛，目前尚无某个司法鉴定机构的鉴定范围可包含上述7大领域。司法鉴定机构只能在其取得的司法鉴定许可证确定的范围内从事鉴定评估，故面对复杂的环境损害司法鉴定内容，一个鉴定机构往往很难完成全部鉴定工作，这就需要多个鉴定机构共同配合完成，或者向本机构以外的相关专业领域的专家进行咨询。广东省高级人民法院作出的张玉山、邝达尧与广东省广州市人民检察院水污染责任纠纷环境民事公益诉讼案二审民事判决书[（2018）粤民终2466号]中，针对大石古水塘垃圾倾倒污染事件，从化区国土局就同时委托了环境保护部华南环境科学研究所和广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）对大石古水塘污染事件的环境损害进行鉴定评估。环境保护部华南环境科学研究所和广东省微生物研究所最终共同出具了《环境损害鉴定评估报告》。该鉴定报告经当事人质证后，被人民法院作为认定该案事实的根据。广西壮族自治区玉林市中级人民法院作出的衢州迅通物流有限公司、中国平安财产保险股份有限公司衢州中心支公司环境污染责任纠纷一审民事判决书[（2019）桂09民初90号]中，福绵环保局亦同时委托广东环科院和广西环科院共同承担此次环境污染事故环境污染损害评估及受污染土壤修复方案编制工作，后广东环科院和广西环科院共同出具了《损害评估报告（终稿）》和《土壤修复方案（终稿）》。
司法鉴定人完成鉴定后，司法鉴定机构应当指定具有相应资质的人员对鉴定程序和鉴定意见进行复核。经复核后，司法鉴定机构和司法鉴定人应当按照统一规定的文本格式制作司法鉴定意见书，并由司法鉴定人签名，加盖司法鉴定机构的司法鉴定专用章后，按照有关规定或者约定，向委托人发送司法鉴定意见书。
（三）环境损害司法鉴定意见的采信
在诉讼过程中，鉴定机构依法作出鉴定意见后，双方当事人可对鉴定意见中有异议的事项进行举证、质证。根据《民诉证据规定》第四十条的规定，如果当事人有证据证明存在以下情形之一的，可以申请重新鉴定：（一）鉴定人不具备相应资格的；（二）鉴定程序严重违法的；（三）鉴定意见明显依据不足的；（四）鉴定意见不能作为证据使用的其他情形。对鉴定意见的瑕疵，可以通过补正、补充鉴定或者补充质证、重新质证等方法解决的，人民法院不准许重新鉴定申请。环境损害司法鉴定意见作为证据的一种，经过当事人质证后，由人民法院根据实际情况决定是否能作为认定案件事实的依据。
对于自行委托所获得的鉴定意见，与人民法院委托所取得的司法鉴定意见一样，最终也必须接受双方当事人的质证。根据《民诉证据规定》第四十一条的规定，对于一方当事人就专门性问题自行委托有关机构或者人员出具的意见，另一方当事人有证据或者理由足以反驳并申请鉴定的，人民法院应予准许。因此，法律不禁止一方当事人事前自行委托鉴定，但应委托具有资质的鉴定单位进行，且应接受对方当事人的质证。
鉴于环境损害司法鉴定的专业性和复杂性，为了能真正厘清案件基本事实，促进双方对司法鉴定意见进行实质上的质证，我国法律规定了专家辅助人出庭制度。《民事诉讼法》第七十九条规定：“当事人可以申请人民法院通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者专业问题提出意见。”《环境民事公益诉讼案件解释》第十五条规定：“当事人申请通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者就因果关系、生态环境修复方式、生态环境修复费用以及生态环境受到损害至修复完成期间服务功能丧失导致的损失等专门性问题提出意见的，人民法院可以准许。前款规定的专家意见经质证，可以作为认定事实的根据。”《民诉证据规定》第八十三条规定：“申请有专门知识的人出庭的，申请书中应当载明有专门知识的人的基本情况和申请的目的。人民法院准许当事人申请的，应当通知双方当事人。”司法实践中，当事人也往往会向人民法院申请专家辅助人出庭，由专家辅助人对鉴定意见进行质证并就相关问题提出专业意见。法庭对专家辅助人意见是否采信，取决于专家意见的真实性和科学性，从证据效力方面来看，专家意见并没有优于其它证据的必然效力，专家意见经质证后，审判人员也会依照法律规定和案件实际情况，遵循法官职业道德，对专家意见作出是否采信的判断。
当事人对鉴定意见有异议或人民法院认为有必要，还会通知鉴定人出庭，由鉴定人就其资质、鉴定程序、鉴定意见采用的标准、损害计算依据及方法等鉴定事项予以说明。通过鉴定人出庭制度和专业辅助人制度，能够使法官及诉讼当事人对司法鉴定意见形成准确判定，弥补其在专业知识上的不足，为法官科学裁判提供重要支撑。