自然人投资的不同股权架构税负分析--从自然人股东被追缴3.78亿元个税说起

引言：
2023年9月，某市税务主管部门在其官方网站公布了一则《税务事项通知书（责令限期缴纳通知书）》，由于自然人股东王某于2021年11月转让其持有的目标公司100%股权，存在未缴纳税款情形，要求自然人股东王某补缴个人所得税逾3.78亿元，并从税款滞纳之日起至缴纳或解缴之日止，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，与税款一并缴纳。从公开信息可以看出，自然人股东王某转让其直接持有的目标公司股权，被税务主管部门要求补交个人所得税税款和滞纳金。
实务中，比较常见的自然人投资股权架构包括自然人股东直接持股以及自然人通过有限公司或合伙企业间接持股。采取哪种股权架构取决于自然人股东的投资目的、是否短期套现退出和家族财富传承计划以及企业的长远规划，如企业的上市规划和并购重组规划等。
自然人股东直接持股和间接持股，分别涉及关于股息、红利、股权转让和并购重组等不同税收相关规定，综合税负不一样。因此，应提前确定好相应的股权架构方案，后续调整股权架构可能会产生高额的税费成本。如根据某上市公司于2023年4月发布的公告，其员工持股平台原为有限公司，后该等员工持股平台转换为有限合伙企业。当地税务主管部门向员工持股平台发出通知，要求按照财税（2009）59 号文等规定，因企业组织形式转换而视同进行清算，将尚未出售的股票（包括自愿性承诺的限售股）视同出售缴纳相关税款。据公开媒体报道，涉及税款金额高达25亿元。
笔者基于实务操作经验，就不同股权架构涉及的税务规则作简要介绍。由于篇幅限制，本文不就非居民自然人股东、跨境投资、股权代持、印花税等小税种以及特定地区和行业税收优惠等事项涉及特别的税收规则展开论述。
目录：
一、自然人股东王某转让其直接持有的目标公司股权纳税义务分析
二、自然人直接持股和间接持股取得股息、红利税负分析
三、企业并购重组，自然人直接持股和间接持股产生的税负分析
四、结语
一、自然人股东王某转让其直接持有的目标公司股权纳税义务分析
自然人股东王某转让其直接持有的目标公司股权时，如果不能证明股权转让收入明显偏低有正当理由的，需要按照公平交易原则确定股权转让收入。
实务中，被税务主管部门认定为股权转让收入明显偏低的情形主要包括以下几类：（1）申报的股权转让收入低于股权对应的企业净资产份额的，企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；（2）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；（3）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；（4）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；（5）不具合理性的无偿让渡股权或股份。
另外，实务中，被税务主管部门认可的股权转让收入明显偏低有正当理由的情形主要包括以下几类：（1）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；（2）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；（3）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让。
从公开信息可以看出，自然人股东王某将其持有的目标公司股权转让给了一家外国法人独资公司，可能由于股权转让收入明显偏低，不符合相关规定而被相关税务主管部门追缴税款和滞纳金。
二、自然人直接持股和间接持股取得股息、红利税负分析
（一）自然人直接持股情形
1. 自然人持有企业股权，企业分配的股息、红利，根据《个人所得税法》相关规定，需要按照20%的税率计算缴纳个人所得税。
2. 自然人持有非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业股权，企业以未分配利润、盈余公积、资本公积（股票溢价形成的资本公积除外）向自然人转增股本，符合有关规定的，自然人可分期缴纳个人所得税；非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的其他企业转增股本，应及时代扣代缴个人所得税。
需要注意的是，资本公积分股票溢价形成的资本公积和其他资本公积。对于股票溢价形成的资本公积转增股本，无论是上市公司、全国中小企业股份转让系统挂牌的公司（以下简称“新三板公司”）、中小高新技术企业还是其他股份有限公司，自然人股东均免征个人所得税。
3. 自然人持有上市公司或新三板公司股票，其取得的股息、红利可以享受股息红利差别化个人所得税政策。另外，上市公司或新三板公司转增股本（不含以股票发行溢价形成的资本公积转增股本），按现行有关股息红利差别化个人所得税政策执行。有关股息红利差别化个人所得税政策具体如下：

需要注意的是，上市公司/新三板公司分配股息红利时，对自然人持股1年以内（含1年）的，上市公司/新三板公司暂不扣缴个人所得税；待自然人转让股票时，证券登记结算公司根据其持股期限计算应纳税额，由证券公司等股票托管机构从个人资金账户中扣收并划付证券登记结算公司，证券登记结算公司应于次月5个工作日内划付上市公司/新三板公司，上市公司/新三板公司在收到税款当月的法定申报期内向主管税务机关申报缴纳。
另外，对自然人持有的上市公司限售股，解禁后取得的股息、红利，按上述规定计算纳税，持股时间自解禁日起计算；解禁前取得的股息、红利减按50%计入应纳税所得额，适用20%的税率计征个人所得税。而对于自然人持有的新三板公司股票，不区分挂牌前还是挂牌后取得，均适用股息红利差别化个人所得税政策。
（二）自然人通过合伙企业间接持股情形
1. 合伙企业对外投资分回的股息、红利，不并入合伙企业的收入，而应单独作为自然人取得的股利、红利所得，适用20%的个人所得税税率缴纳个人所得税。
2. 合伙企业取得企业未分配利润、盈余公积和资本公积（股票溢价形成的资本公积除外）转增股本时，企业需要及时代扣代缴个人所得税，符合条件的自然人合伙人可分期缴纳个人所得税。
需要注意的是，对于股票溢价形成的资本公积转增股本，合伙企业的自然人合伙人是否需要缴纳个人所得税，实务中有不同做法。建议自然人合伙人与相关主管税务部门沟通咨询，以降低税务合规风险。
3. 上述股息红利差别化个人所得税政策不适用于合伙企业。合伙企业持有上市公司或新三板公司股票，其取得上市公司或新三板公司配发的股息、红利后，合伙企业自然人合伙人需按照20%税率缴纳个人所得税。
（三）自然人通过有限公司间接持股情形
1. 自然人通过有限公司间接持股，有限公司取得的股息、红利为免税收入。但应注意的是，有限公司持有上市公司公开发行并上市流通的股票不足12个月，其取得的投资收益不能享受免税待遇。另外，有限公司将利润以股息、红利方式分配给自然人时，自然人需要参照上述“自然人直接持股情形”，根据具体情况缴纳个人所得税或免征个人所得税。
2. 企业以盈余公积和未分配利润转增股本，有限公司免征企业所得税。另外，企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转增股本的，不作为有限公司的股息、红利收入，有限公司也不得增加该项长期投资的计税基础。
从上述分析可以看出，就自然人取得股息、红利的税负而言，自然人直接持股的税负相对较低，且持有上市公司或新三板公司股票符合一定条件，能享受免征个人所得税的税收优惠。因此，如果自然人不是企业的控股股东和实际控制人，且不谋求后续通过企业并购重组获得更大的投资收益，仅是希望获得企业的成长收益以及一段时间后套现退出，自然人直接持股是一个比较好的选择。
三、企业并购重组，自然人直接持股和间接持股产生的税负分析
企业并购重组，是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括债务重组、股权收购、资产收购、合并和分立等。企业并购重组，通常会涉及个人所得税、企业所得税、增值税、土地增值税、契税和印花税等税种。
（一）自然人直接持股情形
1. 自然人转让企业股权时，市场监督管理部门会查验与股权交易相关的个人所得税的完税凭证，也即“先完税后转股”。需要注意的是，自然人股权转让“先完税后转股”的规定原则上适用于有限公司和非上市非挂牌的股份公司，不适用于个人独资企业、合伙企业、上市公司和新三板公司。自然人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按财产转让所得20%的税率征收个人所得税。
2. 自然人转让上市公司限售股或发生具有转让限售股实质的其他交易，取得现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益均应适用20%税率缴纳个人所得税。自然人转让上市公司非限售股，暂免征个人所得税。另外，自然人转让上市公司股票免征增值税。
3. 自然人转让新三板公司原始股取得的所得，按照财产转让所得适用20%税率征收个人所得税。对自然人转让新三板公司非原始股取得的所得，暂免征收个人所得税。
需要注意的是，部分税务主管部门认为新三板公司股票属于金融商品，免征增值税，部分税务主管部门认为在相关规定进一步明确前，视为股权转让，暂不征收增值税。
4. 并购重组交易中，股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人，自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。因此，自然人作为股东参与企业的并购重组，并不能与法人股东一样享受特殊性税务处理的税收优惠。
自然人以股权出资设立新的企业，以及以股权出资参与企业增资扩股、定向增发股票、股权置换、重组改制等投资行为，属于个人转让股权和投资同时发生，对自然人转让股权所得，应按照财产转让所得项目计算缴纳个人所得税。自然人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。因此，自然人作为股东参与企业的并购重组，需要计算缴纳个人所得税，但可以适用分期纳税政策。
如某上市公司发布《终止重大资产重组事项公告》，根据《发行股份购买资产协议》，交易对方将涉及个人所得税约2.5亿元。交易对方认为，在无其他资金来源的情况下，为合法纳税，其只能在重组成功后五年内减持部分上市公司股份，以筹措个人所得税资金。但考虑到作为重组成功后上市公司第一大股东，交易对方拟长期持有公司股份，专注于上市公司的长期发展，短期内减持股份的行为不符合其此次重组上市公司的初衷及战略考虑，也严重影响交易对方对上市公司的控制权，不利于上市公司的长期发展和中小股东的利益。最终，各方决定终止该项重大资产重组。
（二）自然人通过合伙企业间接持股情形
1. 合伙企业取得的股权转让收入，并入合伙企业的收入总额。合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用等的余额，作为自然人合伙人相应份额的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
另外，合伙企业转让上市公司股票，一般纳税人适用6%税率缴纳增值税，小规模纳税人适用3%税率缴纳增值税。
需注意的是，合伙企业转让新三板公司股票是否需要缴纳增值税，实务中，不同税务主管部门有不同理解。部分税务主管部门认为应该缴纳，部分税务主管部门认为不需要缴纳。为税务合规起见，建议在具体操作并购重组业务前，与相关税务主管部门沟通确认是否需要缴纳增值税。
2. 并购重组交易中，股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人，但相关规定并未明确是否可以是合伙企业，也未明确合伙企业是否可以适用特殊性税务处理。实务中，根据公开信息，有少部分企业并购重组交易中，合伙企业作为并购重组的参与方适用了特殊性税务处理。
为避免可能出现的税务风险，建议在实施重大并购重组交易时，提前与相关税务主管部门进行沟通，取得合伙企业是否可以适用特殊性税务处理的明确意见。
（三）自然人通过有限公司间接持股情形
1. 有限公司转让企业股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现，一次性计入确认收入的年度并根据有限公司适用税率计算缴纳企业所得税。另外，有限公司将利润以股息、红利方式分配给自然人时，自然人需要参照本文第二部分“自然人直接持股和间接持股取得股息、红利税负分析”中的“自然人直接持股情形”，根据具体情况缴纳个人所得税或免征个人所得税。
有限公司转让上市公司股票，一般纳税人适用6%税率缴纳增值税，小规模纳税人适用3%征收率缴纳增值税。
需要注意的是，有限公司转让新三板公司股票是否需要缴纳增值税，实务中，不同税务主管部门有不同理解。部分税务主管部门认为应该缴纳，部分税务主管部门认为不需要缴纳。为税务合规起见，建议在具体操作并购重组业务前，与相关税务主管部门沟通确认是否需要缴纳增值税。
2. 根据《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）的规定，企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。根据《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号）的规定，对100%直接控制的居民企业之间，以及受同一或相同多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权或资产，凡具有合理商业目的、不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，股权或资产划转后连续12个月内不改变被划转股权或资产原来实质性经营活动，且划出方企业和划入方企业均未在会计上确认损益的，股权、资产划转适用特殊性税务处理规定。根据《关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号） ，居民企业以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。因此，自然人通过有限公司持有企业股权，就企业实施并购重组，有限公司可以享受上述税收优惠政策。
从上述分析可以看出，自然人直接持股情形下，自然人转让非上市非挂牌企业股权以及上市公司限售股和新三板公司原始股，需适用20%税率征收个人所得税；自然人转让上市公司非限售股和新三板公司非原始股，暂免征个人所得税，且自然人转让上市公司股票和新三板公司股票均免征增值税。自然人通过合伙企业间接持股情形下，合伙企业股权转让收入，自然人适用5%-35%的五级超额累进税率计算征收个人所得税。自然人通过有限公司间接持股情形下，有限公司股权转让收入，除有限公司根据其适用税率计算缴纳企业所得税外，自然人取得有限公司分配的股息红利需根据具体情况缴纳个人所得税或免征个人所得税。另外，自然人无论是通过合伙企业间接持股还是通过有限公司间接持股，合伙企业或有限公司转让上市公司股票时均需缴纳增值税。因此，就自然人取得股权（票）转让收入的税负而言，自然人直接持股的税负相对较低。
另外，即使自然人作为股东参与企业的并购重组，自然人仍然需要根据《个人所得税法》等相关规定缴纳个人所得税。就如上述上市公司并购重组案例，并购重组最终失败的原因就是因为自然人股东需要在短时间内缴纳巨额个人所得税。而如果自然人通过有限公司参与企业的并购重组，有限公司层面可以适用特殊性税务处理等税收优惠，自然人也不会因企业的并购重组而即时产生纳税义务。因此，自然人通过有限公司参与企业并购重组可以享受递延纳税的税收优惠政策。
四、结语
如果企业后续没有上市或并购重组的可能，但企业有较高的盈利能力，可由自然人直接持有企业股权，自然人取得股息、红利或通过股权转让套现退出时的综合税负相对较低。在企业符合新三板挂牌条件的情形下，自然人可以通过企业新三板挂牌而享有股息、红利免征个人所得税的优惠政策。且自然人转让新三板公司非原始股取得的所得，暂免征收个人所得税。
如果企业后续有上市或并购重组的可能，自然人可通过有限公司持有企业股权。在企业上市后，自然人通过有限公司减持上市公司股票，不会即时产生个人所得税纳税义务。另外，在企业并购重组时，可以通过有限公司享受特殊性税务处理等税收优惠政策，避免因税收因素导致并购重组最终失败或自然人即时产生需要缴纳巨额个人所得税的风险。