《招标投标法》第四十六条第一款规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条也规定：“招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。”
上述规定均明确，招标人和中标人不得另行签订背离中标合同实质性内容的协议，那么如何认定“合同实质性内容变更”就成了前述规定适用的关键前提。最高人民法院民一庭认为，合同实质性内容，依字面理解，应当是指对合同双方当事人权利、义务有实质性影响的内容，是否存在实质影响，可以从两方面考虑：一是，是否影响其他中标人中标；二是，是否较大影响招标人和中标人的权利义务。但具体到实践中，因建设工程施工合同的复杂性以及个案的特殊性，双方对合同进行一定的调整几乎是不可避免的，因此，如何认定实质性变更与非实质性变更之间的界限就非常重要。本文主要通过检索相关案例，整理了司法实践中部分法院对于“合同实质性内容变更”的理解与认定标准。
01 与“工程价款”相关的实质性内容变更
笔者通过检索，“工程价款”往往是实践中出现争议较多的条款，以下情形一般会被法院认定为构成实质性内容变更：
- 工程价款支付时间
最高人民法院（2021）最高法民申1006号民事裁定书认定，工程价款支付系建设工程施工合同必备条款，不仅包括最终结算价款支付，也包括进度款支付，而支付进度款自然涉及支付的时间，变更支付时间必然对双方权利义务产生实质影响。二审判决认定《工程施工合同》实际将备案的《建设工程施工合同》进度款支付约定变更为承包人垫资施工是对备案合同的实质性变更，并无不当。 - 另行收取工程管理费
云南省高级人民法院（2015）云高民一终字第122号民事判决书认定，涉案《建设工程施工合同》属固定总价合同，双方约定合同固定总价款中已包括了实施和完成本合同工程所需要的按《03版云南省建设工程造价计价规则》中组成建筑工程费用的直接工程费、措施费、管理费、利润、其他项目费、规费和税金所规定的全部工作内容和工作项目，并未约定对于工程管理费要另行收取。根据《建设工程施工合同》约定，承包人对于整个工程建设负有总包管理的义务，即使对由发包人专业发包的工程，双方在《建设工程施工合同》中也约定承包人均应承担总包配合和管理义务，并约定了相应的配合管理费，故双方在《补充协议书》中第一条约定承包人收取该项目结算总价的1.5%作为本项目的总包管理费，属于对原《建设工程施工合同》工程价款的实质性变更。 - 让利条款
最高人民法院（2016）最高法民申2311号民事裁定书认定，案涉建设工程施工合同经招投标程序后签订并备案，但因发包人改变设计规划，将原定24层增加为30层，就增加工程部分，双方通过补充协议约定按照备案合同约定的单价计算工程款。但是，补充协议约定承包人按照工程结算总价款3%缴纳管理费及变更总价款的8%让利，显然构成对备案合同的实质性变更，应归于无效。 - 工程价款结算条款
重庆市高级人民法院（2015）渝高法民提字第00141号民事判决书认定，本案工程项目经过招标、投标程序后，发包人于2008年12月1日发出中标通知书，确定中标金额为1513.91万元。2008年12月8日，发包人与承包人按照中标文件订立了《合同协议书》，约定合同价款为1513.9135万元。双方又于2008年12月20日签订《补充协议书》，约定以审计结果作为工程价款结算依据。因对工程价款结算问题的变更将直接导致当事人的权利义务发生重大变化，故《补充协议书》中约定的以审计结果作为工程价款结算依据，属于对12月8日《合同协议书》的实质性变更。 - 关于工程价款结算时扣除预留金的约定
最高人民法院（2021）最高法民申4127号民事裁定书认定，双方签订的《建设工程施工分包合同》约定合同价款计算方式为按建筑面积每平方米单价包干，根据完成的工程量据实结算；同时约定合同价款或计价办法，任何一方不得擅自改变。合同中并未约定在结算时扣除预留金，只是在第九条竣工验收与结算中约定发包人不支付保修金、预留金的利息。2013年7月2日，承包人出具的承诺书中虽载明“在进度款支付及竣工结算支付时扣除预留金”，但该表述属于对双方经招投标程序签订的《建筑工程施工分包合同》所约定结算条款的实质性变更。
02 对“工程范围、建设工期、工程质量、工程价款”之外其他条款的变更，也可能构成实质性内容变更 - 合同主体变更
（2021）湘3127民初1059号民事判决书认定，承包人与发包人签订《施工合同》后，二者又与第三方签订《三方补充协议》，约定将《施工合同》中项目的合同主体由发包人变更为第三方，变更之前的已开票未付工程款由发包人支付，变更后的新增合同进度结算及开票结算主体变更为承包人与第三方。法院认为，发包人系招标方，承包人系中标方，二者与第三方签订的《三方补充协议》中对工程价款的约定与《施工合同》中不一样，承包人请求按《施工合同》约定，要求发包人承担付款责任的请求予以支持，故被告发包人除需承担已开票未付工程款外，还要与第三方共同承担变更后第三方未按期支付的工程款。 - 违约责任条款
安徽省蚌埠市中级人民法院（2019）皖03民终1807号民事判决书认定，双方签订的建设工程施工合同专用条款约定，承包人未按合同约定竣工交付工程，每延期一天支付发包人伍仟元违约金，提前一天奖励承包人伍仟元。双方补充协议约定承包方未能按期完成，每逾一天双方按决算价的万分之三支付违约金。关于逾期竣工违约金约定是否属于实质性变更问题，根据《建设工程司法解释（二）》第一条以及《合同法》第三十条之规定，合同违约责任的变更属于合同实质性变更，违约责任对双方权利义务产生重大影响，应属于合同实质性内容。 - 争议解决条款
最高人民法院（2014）民一终字第00067号民事裁定书认定，根据《招标投标法》第四十六条之规定，有关工程范围、价款、质量、管辖争议条款等均是合同的实质性内容，在备案合同与未经备案合同约定的管辖条款不一致时，应当以备案合同确定案件的管辖问题。
需要指出的是，涉案纠纷发生时，我国尚未取消施工合同备案制，根据原《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条之规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
03 对“工程范围、建设工期、工程质量、工程价款”做出变更并不必然被认定为实质性内容变更的情形 - 工程款下浮一定比例结算在中标合同有约定的情况下，不构成实质性变更
河北省高级人民法院（2020）冀民终385号民事判决书认定，《3#-6#楼补充合同》并未改变备案合同约定的结算方法，仅是增加了工程款下浮一定比例的约定，建设工程领域按定额结算约定下浮一定的比例，不属于对于结算条款的实质性变更。
最高人民法院（2019）最高法民终583号民事判决书认定，双方当事人在同一天内分别签订了两份《建设工程施工合同》以及《补充协议》，《补充协议》中约定工程最终价款为按照经审计的工程项目总投资下浮6％。本院认为，《补充协议》中所约定的案涉工程价款下浮并非对中标合同作出了实质性变更或变相降低了工程价款。首先，天誉合公司与国贸公司签订的两份《建设工程施工合同》（含东区和西区）均约定：“工程项目总投资下浮后作为乙方最终结算总价，下浮比例双方另行协商。”表明双方对工程价款下浮具有合意，且该合意不违背法律法规的强制性规定，应属有效。同日，天誉合公司与国贸公司签订的《补充协议》将下浮比例予以明确，符合法律规定和双方的合同约定。其次，《补充协议》关于工程项目总投资下浮6%的约定与两份《建设工程施工合同》的约定相衔接和呼应，是对《建设工程施工合同》的补充和完善，且并未与中标合同有实质性抵触的内容，《补充协议》系与两份《建设工程施工合同》在同一天签订，合同内容系双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的效力性规定，故《补充协议》合法有效。
需要指出的，本案中法院之所以认定双方补充协议中关于工程款下浮的约定不构成对中标合同的实质性变更，系因中标合同中明确约定工程最终结算价按照双方另行协商确定的工程项目总投资下浮比例确定。如中标合同中没有该约定，则双方另行签订的下浮结算补充协议构成对中标合同实质性内容的变更。 - 工程结算价款变更未达到法律所禁止的“实质性变更”的严重程度，不构成实质性变更
最高人民法院（2014）民申字第842号民事裁定书认定，对实质性变更的判断，一方面需要把握变更的内容，另一方面也需要把握变更的量化程度。《建设工程施工合同》约定合同价款采用固定综合单价方式确定，确实属于变更《比选文件》确定的固定总价方式的情形，但本案事实表明，按照两种方式得出的案涉工程款差额仅为11万余元，没有达到法律所禁止的“实质性变更”的严重程度，也不会导致合同当事人之间权利义务关系的显失平衡，故不应认定《建设工程施工合同》构成对《比选文件》的实质性变更。
安徽省高级人民法院（2017）皖民终221号民事判决书认定，承包人上诉认为案涉《建设工程施工合同》第47条补充条款约定承包人对中标价格优惠75万元，以及《补充协议》第四条第2款第3项将中标合同按定额计取施工用水电费变更为按市场价格计取，致使承包人增加了水电费支出504098元，均是对中标合同工程价款的实质性变更，应属无效条款。根据已查明的事实，案涉工程是招投标工程，工程价款经鉴定为52438027.16元，上述两项变更所涉款项共计1254098元，占工程价款的比例仅为2.39%，不属于大幅度让利，不构成对工程价款的实质性变更，且案涉合同第47条补充条款系双方协商的互利条款，并非单纯让利，承包人亦无证据证明让利后的工程价款低于施工成本，故对承包人的此项主张，不予支持。
需要指出的是，现行法律法规及司法解释对何为法律所禁止的“实质性变更”的严重程度并未明确规定，因此在该问题的认定和使用上应当从严把握，不得随意扩大，否则将违背立法本意，损害招标投标公平竞争秩序。 - 工程完工交付使用后，就工程争议解决达成的一揽子解决协议，不必然构成实质性变更
北京市高级人民法院（2021）京民终443号民事判决书认定，诚通公司与杨庄村委会签订《建设工程施工合同》后，诚通公司进场施工并陆续完工并交付使用；在此过程中，因杨庄村委会不能及时支付工程款，双方签订了《工程结算协议》。《招标投标法》第46条实质在于保护公平竞争，保证招投标活动的正当性。而《工程结算协议》是在工程完工后，双方就施工合同履行过程中产生的包括工程款争议在内的所有争议一揽子解决的协议。不仅包括通常意义上的工程款，也包括合同履行过程中发生的停工、窝工等损失，并非是对中标合同的实质性变更，应属有效。
需要指出的是，如果一揽子解决协议中，双方在结算中改变了中标合同约定的工程款计价约定且达到法律所禁止的“实质性变更”的严重程度，则构成实质性变更。