当交通事故双方已经达成调解协议并履行后，如果受害方发现自己存在伤残并请求赔偿，法院应当根据具体情况进行判断。如果调解协议中已经包含了伤残赔偿的内容，受害方可以直接向保险公司或者责任方索赔。如果调解协议中没有包含伤残赔偿的内容，受害方可以向法院提起诉讼，但需要注意的是，如果受害方在调解协议签订后一段时间内才发现伤残，需要提供充分的证据证明伤残是由交通事故引起的。