一、问题的引入
S公司是上市公司C公司的全资子公司，G公司对D公司拥有85%的股权，并对E公司拥有15%的股权。现C公司和G公司基于市场行情和各自公司发展的需要，C公司拟收购G公司对D公司85%的股权，同时G公司将通过对C公司增发股票的方式取得对C公司5%的股权。此外，S公司拟收购F工厂51%的资产，并以其10%的股份支付收购F工厂90%的金额，剩余金额以货币形式完成出资。
在上述企业重组过程中，伴随着大比例股权交易的同时，是巨额企业所得税的征收，而企业所得税的征收与否以及征收数额直接影响到企业对股权转让的策略，从而影响到企业重组的决策和进程。而企业重组所得税如何征税、征收比例如何，都成为企业在重组过程中必须要考虑的重要问题。在有关企业重组过程中企业所得税的征收规定方面，自2008年《企业所得税法》以及2009年财政部和国家税务局发布的《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）起，此后五年中关于企业重组业务企业所得税处理的规定竞相出台，这不仅为企业重组提供了指导，而且有助于企业资源的整合。但是，由于企业重组的规定数量较多并且最新的规定对《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定的内容做出了重要的修改，因此，全面而准确地把握企业重组的所得税体系是顺利实现企业重组的关键。本文结合对上述案例的分析，通过对《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称“59号文”）、《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2014]109号，以下简称“109号文”）、《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（2015年第48号，以下简称“48号文”）以及《关于非货币性资产投资企业所得税有关征管问题的公告》（2015年第33号，以下简称“33号文”）等文件的梳理，明确企业重组中股权收购以及资产收购的“特殊税务处理”规则，以方便实务中的具体操作。
二、适用特殊性税务处理的案件
在现行企业重组中，企业所得税政策将企业重组的税务处理分为一般性税务处理和特殊性税务处理两类。根据一般性税务处理规定，在重组过程中发生的股权或资产转让，企业应当确认股权、资产转让所得或损失，并且以收购股权或资产的公允价值作为计税基础进行纳税；[1]而根据特殊性税务处理规定，企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上的，企业为此可以获得递延纳税的利益，[2]并且以原有股权或资产的价值作为计税基础。由此可见，特殊性税务处理实质上是一种税收优惠政策，体现了国家支持企业做大做强、优化企业重组市场环境的政策目的[3]。
（一）“59号文”对境内企业重组适用“特殊性税务处理”的规定
对于“特殊性税务处理”的规定集中体现在59号文中，根据其规定，满足以下条件的企业重组才能适用特殊性税务处理：
第一，企业重组应当具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。对于何为“合理的商业目的”，法律并没有明确规定，但48号文第五条对如何界定是否为“合理的商业目的”确立了五项考量因素，即需要通过重组交易的方式、重组交易的实质结果、重组各方涉及的税务状况变化、重组各方涉及的财务状况变化以及非居民企业参与重组活动的情况等五个方面进行判断。
第二，企业重组中被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合59号文规定的比例。具体而言，在股权收购中，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%；在资产收购中，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%。
第三，企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。对于企业重组日的起算，48号文第三条第二款规定，“股权收购，以转让合同（协议）生效且完成股权变更手续日为重组日。关联企业之间发生股权收购，转让合同（协议）生效后12个月内尚未完成股权变更手续的，应以转让合同（协议）生效日为重组日。资产收购，以转让合同（协议）生效且当事各方已进行会计处理的日期为重组日。”简而言之，在股权收购中，重组日必须满足转让合同生效并且完成股权变更登记，如果转让合同生效后的12个月内未办理登记手续的，则重组日追溯到转让合同生效之日；在资产收购中，重组日必须同时满足转让合同生效并且资产已经经过会计的审核。
第四，在企业重组交易对价中，所涉及的股权支付金额应当符合59号文规定的比例。具体而言，在股权收购中，收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；在资产收购中，受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。
第五，企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。原因是主要股东多是持股比例比较大的控股股东或者大股东，因而对于其转让股权应当进行一定期限的限制。
（二）“59号文”对涉及境内外企业之间适用“特殊性税务处理”的规定
此外，在企业重组中，涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除了满足上述五项条件外，还应当满足下列条件：
第一，非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权。具体而言，在双方均是非居民企业的情形下，首先，受让一方企业必须由转让一方企业100%直接控股；其次，交易的对象必须是居民企业的股权；再次，所转让的股权不会对预提所得税产生影响[4]；最后，转让企业必须书面承诺3年的“禁转期”。（此种情形可以简称为“外转外”）
第二，非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权。在企业重组的双方企业中，转让企业必须是非居民企业，受让企业必须是出让企业100%直接控股的居民企业，其转让的标的必须是另一居民企业的股权。（此种情形可以简称为“外转内”）
第三，居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。在企业重组过程中，如果转让企业是居民企业，受让企业是非居民企业，则“特殊性税务处理”的适用仅限于受让方企业是转让方的100%直接控股的全资子公司。（此种情形可以简称为“内转外”）
第四，财政部、国家税务总局核准的其他情形。此条件为兜底条款，随着企业股权和资产收购交易的发展以及中国境内外交易情况的复杂化，此条保证了财政部和国家税务总局可以根据交易形式的发展变化及时作出应对，以对境内与境外股权和资产收购交易的税务问题进行适当管理。
（三）“109号文”对“59号文”的修改
从上文的论述中不难发现，“59号文”对“特殊性税务处理”的适用有着较为严格的限定，其中最为典型的便是对转让资产或股份比例以及涉及股权支付金额比例的要求。根据“59号文”规定，股权收购或资产收购中，被收购股权或资产的比例不低于被收购企业全部股权或资产的75%，股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。这一规定极大地限制了特殊性税务处理的适用范围，使诸多企业在企业重组过程中依然要面临高昂的企业所得税。因此，《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）明确了对财税政策的进一步完善意见，主要针对“特殊性税务处理”的适用范围进行了拓展。[5]
根据国发[2014]14号文的指导意见，2014年的109号文对59号文关于“特殊性税务处理”的范围进行了相应地调整。具体而言，在股权收购中，将59号文第六条第（二）项中有关“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%”规定调整为“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%”；在资产收购中，将59号文第六条第（三）项中有关“资产收购，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%”规定调整为“资产收购，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的50%”。将75%的比例调整为50%，降幅高达1/3，极大地扩展了适用特殊性税务处理的企业重组范围。
[1]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第三款规定：企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：
1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
[2]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条第一款规定：企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。
[3]参见《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）
[4]预提所得税主要体现在《企业所得税》第三条以及《企业所得税法实施条例》第九十一条的规定中。
《中华人民共和国企业所得税法》第三条第二款、第三款分别规定：非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。
非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（第512号）第九十一条规定：非居民企业取得企业所得税法第二十七条第（五）项规定的所得，减按10%的税率征收企业所得税。
[5]《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）第七条规定，完善企业所得税、土地增值税政策。修订完善兼并重组企业所得税特殊性税务处理的政策，降低收购股权（资产）占被收购企业全部股权（资产）的比例限制，扩大特殊性税务处理政策的适用范围。抓紧研究完善非货币性资产投资交易的企业所得税、企业改制重组涉及的土地增值税等相关政策。
三、对“特殊性税务处理”的运用
以问题引入中的案例为例，C公司以5%的股权换取G公司对D公司85%的股权，在这一股权收购过程中，C公司作为股权收购中的主导方，[1]C公司收购的股份占到了D公司全部股份的85%，且C公司以股权支付的金额为100%，因此C公司有资格申请“特殊性税务处理”，即可以以D公司原有股权价值作为C公司取得D公司股权的计税标准。[2]
S公司对于F工厂的收购属于资产收购，S公司所收购的资产占F工厂全部资产的51%，在59号文没有被修改之前，资产收购中的受让企业S收购的资产不低于转让企业F全部资产的75%。因此，S公司没有资格申报“特殊性税务处理”，并应当以收购F工厂时F工厂的公允价值作为计税标准，[3]例如，F工厂设立时资本为1000万元人民币，当S公司收购F工厂时，F工厂的净资产上涨为5000万元人民币，则S公司应当以F工厂现时的公允价值即2550万元人民币作为S公司转让资产所得，并以此作为计税基础。同时，F工厂的出让方应当以2550万元的转让价款计入当年度的所得申报企业所得税。
在109号文将原先“被收购资产的比例不低于被收购企业全部资产的75%”调整为“不低于被收购企业全部资产的50%”之后，S公司对F工厂的资产收购成本将大大减低。具体而言，S公司收购的资产占到了F工厂全部资产的51%，且S公司以股权支付方式收购的资产为90%，超过了59号文不低于其交易支付总额的85%的规定，因此，S公司可以适用“特殊性税务处理”的优惠政策。对于剩余的以非股权方式出资的部分，则依照59号文第六条第六款的规定计算计税基础，[4]即非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。
通过C公司与G公司之间的换股以及S公司对F工厂资产收购过程中企业所得税的计算，可以明显地发现，特殊性税务处理通过对股权或资产价值的固定有效地降低了公司重组过程中税费的成本，尤其是109号文对股权收购比例的降低进一步扩大了特殊性税务处理的适用范围，使得更多的企业在重组过程中可以享受到税收优惠政策。
[1]《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（2015年第48号）第二条第二款规定，股权收购，主导方为股权转让方，涉及两个或两个以上股权转让方，由转让被收购企业股权比例最大的一方作为主导方（转让股权比例相同的可协商确定主导方）。
[2]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条第二款第一、二、三项规定，
1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
[3]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第三款，企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：
1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
[4]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第六款第一项后段规定，非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
四、特殊性税务处理的优势
通过以上对比分析，很明显相较于一般性税务处理，适用特殊性税务处理的股权收购和资产收购有着明显的优势，其中最为典型的便是对转让股权与资产计税基础的固定。在适用特殊性税务处理过程中，对转让股权以及资产所得税的征收依照的是原有股权或资产的计税基础，而不是现时的公允价值。
综述所述，特殊性税务处理对降低企业重组时的税务负担，促进合理的产业整合方面有着积极作用。因此，进行企业重组的各方应适当的使用特殊性税务处理的优惠政策，合法合理的降低企业重组的税务负担。
S公司是上市公司C公司的全资子公司，G公司对D公司拥有85%的股权，并对E公司拥有15%的股权。现C公司和G公司基于市场行情和各自公司发展的需要，C公司拟收购G公司对D公司85%的股权，同时G公司将通过对C公司增发股票的方式取得对C公司5%的股权。此外，S公司拟收购F工厂51%的资产，并以其10%的股份支付收购F工厂90%的金额，剩余金额以货币形式完成出资。
在上述企业重组过程中，伴随着大比例股权交易的同时，是巨额企业所得税的征收，而企业所得税的征收与否以及征收数额直接影响到企业对股权转让的策略，从而影响到企业重组的决策和进程。而企业重组所得税如何征税、征收比例如何，都成为企业在重组过程中必须要考虑的重要问题。在有关企业重组过程中企业所得税的征收规定方面，自2008年《企业所得税法》以及2009年财政部和国家税务局发布的《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）起，此后五年中关于企业重组业务企业所得税处理的规定竞相出台，这不仅为企业重组提供了指导，而且有助于企业资源的整合。但是，由于企业重组的规定数量较多并且最新的规定对《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定的内容做出了重要的修改，因此，全面而准确地把握企业重组的所得税体系是顺利实现企业重组的关键。本文结合对上述案例的分析，通过对《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称“59号文”）、《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2014]109号，以下简称“109号文”）、《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（2015年第48号，以下简称“48号文”）以及《关于非货币性资产投资企业所得税有关征管问题的公告》（2015年第33号，以下简称“33号文”）等文件的梳理，明确企业重组中股权收购以及资产收购的“特殊税务处理”规则，以方便实务中的具体操作。
二、适用特殊性税务处理的案件
在现行企业重组中，企业所得税政策将企业重组的税务处理分为一般性税务处理和特殊性税务处理两类。根据一般性税务处理规定，在重组过程中发生的股权或资产转让，企业应当确认股权、资产转让所得或损失，并且以收购股权或资产的公允价值作为计税基础进行纳税；[1]而根据特殊性税务处理规定，企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上的，企业为此可以获得递延纳税的利益，[2]并且以原有股权或资产的价值作为计税基础。由此可见，特殊性税务处理实质上是一种税收优惠政策，体现了国家支持企业做大做强、优化企业重组市场环境的政策目的[3]。
（一）“59号文”对境内企业重组适用“特殊性税务处理”的规定
对于“特殊性税务处理”的规定集中体现在59号文中，根据其规定，满足以下条件的企业重组才能适用特殊性税务处理：
第一，企业重组应当具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。对于何为“合理的商业目的”，法律并没有明确规定，但48号文第五条对如何界定是否为“合理的商业目的”确立了五项考量因素，即需要通过重组交易的方式、重组交易的实质结果、重组各方涉及的税务状况变化、重组各方涉及的财务状况变化以及非居民企业参与重组活动的情况等五个方面进行判断。
第二，企业重组中被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合59号文规定的比例。具体而言，在股权收购中，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%；在资产收购中，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%。
第三，企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。对于企业重组日的起算，48号文第三条第二款规定，“股权收购，以转让合同（协议）生效且完成股权变更手续日为重组日。关联企业之间发生股权收购，转让合同（协议）生效后12个月内尚未完成股权变更手续的，应以转让合同（协议）生效日为重组日。资产收购，以转让合同（协议）生效且当事各方已进行会计处理的日期为重组日。”简而言之，在股权收购中，重组日必须满足转让合同生效并且完成股权变更登记，如果转让合同生效后的12个月内未办理登记手续的，则重组日追溯到转让合同生效之日；在资产收购中，重组日必须同时满足转让合同生效并且资产已经经过会计的审核。
第四，在企业重组交易对价中，所涉及的股权支付金额应当符合59号文规定的比例。具体而言，在股权收购中，收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；在资产收购中，受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。
第五，企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。原因是主要股东多是持股比例比较大的控股股东或者大股东，因而对于其转让股权应当进行一定期限的限制。
（二）“59号文”对涉及境内外企业之间适用“特殊性税务处理”的规定
此外，在企业重组中，涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除了满足上述五项条件外，还应当满足下列条件：
第一，非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权。具体而言，在双方均是非居民企业的情形下，首先，受让一方企业必须由转让一方企业100%直接控股；其次，交易的对象必须是居民企业的股权；再次，所转让的股权不会对预提所得税产生影响[4]；最后，转让企业必须书面承诺3年的“禁转期”。（此种情形可以简称为“外转外”）
第二，非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权。在企业重组的双方企业中，转让企业必须是非居民企业，受让企业必须是出让企业100%直接控股的居民企业，其转让的标的必须是另一居民企业的股权。（此种情形可以简称为“外转内”）
第三，居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。在企业重组过程中，如果转让企业是居民企业，受让企业是非居民企业，则“特殊性税务处理”的适用仅限于受让方企业是转让方的100%直接控股的全资子公司。（此种情形可以简称为“内转外”）
第四，财政部、国家税务总局核准的其他情形。此条件为兜底条款，随着企业股权和资产收购交易的发展以及中国境内外交易情况的复杂化，此条保证了财政部和国家税务总局可以根据交易形式的发展变化及时作出应对，以对境内与境外股权和资产收购交易的税务问题进行适当管理。
（三）“109号文”对“59号文”的修改
从上文的论述中不难发现，“59号文”对“特殊性税务处理”的适用有着较为严格的限定，其中最为典型的便是对转让资产或股份比例以及涉及股权支付金额比例的要求。根据“59号文”规定，股权收购或资产收购中，被收购股权或资产的比例不低于被收购企业全部股权或资产的75%，股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。这一规定极大地限制了特殊性税务处理的适用范围，使诸多企业在企业重组过程中依然要面临高昂的企业所得税。因此，《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）明确了对财税政策的进一步完善意见，主要针对“特殊性税务处理”的适用范围进行了拓展。[5]
根据国发[2014]14号文的指导意见，2014年的109号文对59号文关于“特殊性税务处理”的范围进行了相应地调整。具体而言，在股权收购中，将59号文第六条第（二）项中有关“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%”规定调整为“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%”；在资产收购中，将59号文第六条第（三）项中有关“资产收购，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%”规定调整为“资产收购，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的50%”。将75%的比例调整为50%，降幅高达1/3，极大地扩展了适用特殊性税务处理的企业重组范围。
[1]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第三款规定：企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：
1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
[2]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条第一款规定：企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。
[3]参见《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）
[4]预提所得税主要体现在《企业所得税》第三条以及《企业所得税法实施条例》第九十一条的规定中。
《中华人民共和国企业所得税法》第三条第二款、第三款分别规定：非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。
非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（第512号）第九十一条规定：非居民企业取得企业所得税法第二十七条第（五）项规定的所得，减按10%的税率征收企业所得税。
[5]《国务院关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发[2014]14号）第七条规定，完善企业所得税、土地增值税政策。修订完善兼并重组企业所得税特殊性税务处理的政策，降低收购股权（资产）占被收购企业全部股权（资产）的比例限制，扩大特殊性税务处理政策的适用范围。抓紧研究完善非货币性资产投资交易的企业所得税、企业改制重组涉及的土地增值税等相关政策。
三、对“特殊性税务处理”的运用
以问题引入中的案例为例，C公司以5%的股权换取G公司对D公司85%的股权，在这一股权收购过程中，C公司作为股权收购中的主导方，[1]C公司收购的股份占到了D公司全部股份的85%，且C公司以股权支付的金额为100%，因此C公司有资格申请“特殊性税务处理”，即可以以D公司原有股权价值作为C公司取得D公司股权的计税标准。[2]
S公司对于F工厂的收购属于资产收购，S公司所收购的资产占F工厂全部资产的51%，在59号文没有被修改之前，资产收购中的受让企业S收购的资产不低于转让企业F全部资产的75%。因此，S公司没有资格申报“特殊性税务处理”，并应当以收购F工厂时F工厂的公允价值作为计税标准，[3]例如，F工厂设立时资本为1000万元人民币，当S公司收购F工厂时，F工厂的净资产上涨为5000万元人民币，则S公司应当以F工厂现时的公允价值即2550万元人民币作为S公司转让资产所得，并以此作为计税基础。同时，F工厂的出让方应当以2550万元的转让价款计入当年度的所得申报企业所得税。
在109号文将原先“被收购资产的比例不低于被收购企业全部资产的75%”调整为“不低于被收购企业全部资产的50%”之后，S公司对F工厂的资产收购成本将大大减低。具体而言，S公司收购的资产占到了F工厂全部资产的51%，且S公司以股权支付方式收购的资产为90%，超过了59号文不低于其交易支付总额的85%的规定，因此，S公司可以适用“特殊性税务处理”的优惠政策。对于剩余的以非股权方式出资的部分，则依照59号文第六条第六款的规定计算计税基础，[4]即非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。
通过C公司与G公司之间的换股以及S公司对F工厂资产收购过程中企业所得税的计算，可以明显地发现，特殊性税务处理通过对股权或资产价值的固定有效地降低了公司重组过程中税费的成本，尤其是109号文对股权收购比例的降低进一步扩大了特殊性税务处理的适用范围，使得更多的企业在重组过程中可以享受到税收优惠政策。
[1]《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（2015年第48号）第二条第二款规定，股权收购，主导方为股权转让方，涉及两个或两个以上股权转让方，由转让被收购企业股权比例最大的一方作为主导方（转让股权比例相同的可协商确定主导方）。
[2]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条第二款第一、二、三项规定，
1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
[3]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第三款，企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：
1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
[4]《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第四条第六款第一项后段规定，非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
四、特殊性税务处理的优势
通过以上对比分析，很明显相较于一般性税务处理，适用特殊性税务处理的股权收购和资产收购有着明显的优势，其中最为典型的便是对转让股权与资产计税基础的固定。在适用特殊性税务处理过程中，对转让股权以及资产所得税的征收依照的是原有股权或资产的计税基础，而不是现时的公允价值。
综述所述，特殊性税务处理对降低企业重组时的税务负担，促进合理的产业整合方面有着积极作用。因此，进行企业重组的各方应适当的使用特殊性税务处理的优惠政策，合法合理的降低企业重组的税务负担。