企业在生产经营活动中，不可避免地可能会收到税务机关的《税务检查通知书》，称企业取得的某张或某些发票涉嫌虚开，要求企业配合税务检查。不少企业收到税务机关这类通知时很疑惑：我们企业明明向销售方采购了货物，这些发票也是销售方开给自己的，真实的交易行为怎么会涉嫌虚开呢？
当出现这种情况时，采购方没有任何“异常”行为，问题很可能源于销售方的税务违法，也就是：受票企业取得的发票是销售方虚开的，但受票企业并不知情，这就是通常所说的“善意取得虚开的发票”。
一、判定“善意取得虚开的发票”的标准
- 购货方与销售方之间存在真实的交易；
- 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
- 专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；
- 没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
只有同时符合上述四个条件的取得，才能被税务机关认定为“善意”取得，否则就可能被认定为“恶意”取得，最终需要承担虚开发票的行政责任，甚至是刑事责任。
二、案例剖析
案情简介：甲公司为注册在河南自贸试验区的医药企业，增值税一般纳税人。2011年至2013年，甲公司向河南省开封市乙医药贸易公司采购药品， 乙企业总共开具给甲公司172份增值税专用发票，金额11497273.53元，税额1954535.97元，价税合计13451809.50元。2017年，开封市某税务稽查局向郑州市某税务稽查局发出《已证实虚开通知单》，证实乙企业向甲公司开具的上述172份发票为虚开的增值税专用发票。郑州市某税务稽查局收到《已证实虚开通知单》后，向甲公司送达了《税务检查通知书》，认为甲公司涉嫌虚开增值税专用发票。甲公司认为自己并没有虚开增值税专用发票，并提供了相应证据。2017年12月6日，郑州市某税务稽查局作出《税务处理决定书》，认定甲公司善意取得虚开的增值税专用发票，要求甲公司补缴增值税、企业所得税，对补缴的增值税税款不加收滞纳金，对补缴的企业所得税税款加收滞纳金，但均不予税务行政处罚。
案例分析：上述案例中，执法机关对甲公司善意取得乙企业开具增值税专用发票的认定分析理由如下：
（1）甲公司的确和乙企业存在真实的货物交易；
（2）甲公司使用的是河南省增值税专用发票；
（3）专用发票注明的销售方名称的确是实际销售方乙企业，并且其他内容也与实际相符；
（4）无证据表明甲公司知道乙企业开具的增值税专用发票是非法获得的。
由此可见，若案涉企业确实证据充分，能够证明交易的真实性，也符合“善意取得虚开发票”的情形，则企业可免于被追究刑事责任或行政处罚，仅需补缴税款和滞纳金。
相关税务处理：
（1）甲公司抵扣的增值税进项税额应予进项税额转出，未来如果甲公司能够重新开出合法有效的增值税专用发票，允许仅限税务抵扣。
（2）根据《关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》的相关规定，善意取得的增值税专用发票不予加收滞纳金。
（3）甲公司取得的增值税专用发票，不允许在计算企业所得税时进行税前扣除，已扣除的，应当做纳税调增。
关于善意取得的增值税专用发票涉及的企业所得税纳税调增的税务问题，实务中有不同的处理观点，有的税务机关在企业能提供证据证明交易的真实情况下，是允许企业税前扣除的，但大多数税务机关是不允许抵扣的。
三、相关税务稽查应对
当税务机关发出《税务检查通知书》，要求企业配合税务检查时，一般会要求企业向税务机关提供书面情况说明，同时要求企业提供证据资料证明情况说明所陈述事实的真实性。企业面对税务稽查，要沉着冷静，在专业人士的帮助下，以事实为依据、以法律为准绳积极主动应对。
（一）准确还原基本事实，充分重视书面的《情况说明》
企业在还原相关事实时，要紧扣相关法律规定，有的放矢，既不虚构事实，也不漫无边际地扩大范围。企业在草拟《情况说明》时，可以按照时间、地点、经办人、交易过程、沟通协商过程等思路全面描述，着重描述关键事实的细节，准确呈现交易事实的真实性。
（二）准备相关的证据资料
企业面对税务稽查，除了需要提交详细的书面《情况说明》，还需要提供证据材料来证明《情况说明》所描述事实的真实性。一般而言，企业需要提交的证据资料主要包括购销合同、货物运输单、出入库单、付款凭证、货物自用或出售的资料、购销双方业务人员交易过程的沟通记录等，以证明受票企业存在真实的货物采购，同时证明企业在交易过程中有合理的理由相信销售方开具的发票并非虚开。
（三）采取积极的措施挽回税款损失
采购企业通过积极主动应对税务稽查，被税务机关认定为“善意取得虚开的发票”只是维护自身合法权益的第一步。企业被税务机关认定为善意取得虚开的发票后，还需要进行第二步，即采取积极的措施挽回企业税款损失等。
企业应及时联系销售方，重新从销售方取得合法、有效的专用发票。如果企业能重新取得有效的发票，那税务机关将准予企业抵扣相应的进项税款，但实务当中，一旦上游企业违法虚开，想要再次取得合法发票的可能性很小。
企业如果因销售方的原因无法重新取得合法、有效的发票，则要进行进项税额转出，企业所得税纳税调整，从而遭受一定的经济损失。企业此时可以通过民事诉讼的方式向销售方索赔，要求销售方赔偿税款损失等企业损失。
相关案例：丙公司为上海某机电有限公司，增值税一般纳税人。丁公司为某金属制品有限公司，双方素有业务往来，从2016年5月-12月丙公司共收到丁公司开具的88张增值税专用发票，发票金额6,014,567.63元、税额1,022,476.21元，并已全部认证抵扣。2018年9月22日，丁公司因虚开增值税专用发票数额较大被国家税务总局上海市奉贤区税务局作出税务行政处罚。2019年11月28日，丙作为被告的上下游企业，因收受虚开的增值税专用发票，并申报抵扣税额较大，被国家税务总局上海市税务局第四稽查局向丙公司作出《税务处理决定书》，要求其补缴相关税款及滞纳金，后丙公司向税务机关补缴了相关税费共计1,134,948.59元。
丙公司向上海市奉贤区人民法院提起诉讼，要求丁公司赔偿以上补缴税款及利息损失。法院认为，丁公司向丙公司交付的88张增值税专用发票已经税务机关确定为虚开发票，且税务机关依法予以补缴税款和其他款项的行政处罚，现丙公司已按照税务机关处理决定如数补缴税款及其他款项。对此造成的经济损失，与丁公司虚开涉案发票的违法行为存在因果关系，因此丁公司应对于丙公司被税务机关决定补缴的增值税等损失承担赔偿责任。故，一审法院判决丁公司赔偿丙公司的税费损失，二审法院维持了一审的判决。
附：相关政策法规
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第九条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》
购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》
一、 符合下列情形之一的增值税专用发票,列入异常凭证范围：
（一）纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票；
（二）非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票；
（三）增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票；
（四）经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；
（五）属于《国家税务总局关于走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（一）项规定情形的增值税专用发票。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》
纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款;如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。