股权是出资人向标的公司投资，以转移财产所有权为代价，取得的一种社员权利。股权对内对外转让是出资人实现股权盈利的模式之一，本文就股权转让过程中涉及到的税务合规作如下总结。
一、股权出资方式
根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（三），出资人以公司股权出资应当符合下列条件：一是出资的股权由出资人合法持有并依法可以转让；二是出资的股权无权利瑕疵或者权利负担；三是出资人已履行关于股权转让的法定手续；四是出资的股权已依法进行了价值评估。首先出资人需要保证出资的股权符合法律规定，不存在瑕疵，打通成立公司开展投资业务的第一道端口。同时法律也明确规定了，哪些情形不能用于股权出资。依据《公司注册资本登记管理规定》第6条，不得用于出资的股权的情形包括：股权已被设立质权的；股权所在公司章程约定不得转让的；法律、行政法规或者国务院决定规定，股权所在公司股东转让股权应当报经批准而未经批准的；法律、行政法规或者国务院决定规定不得转让的其他情形。
二、股权转让涉及的个人所得税计算基础
实践中，自然人出资人共同投资注册成立公司，按照出资协议相互约定了注册资本，什么时间实缴到位，而且实缴到位的截止时间一般都很长。在此期间，未实缴到位的股东要转让持有的公司股权，就会涉及股权如何定价，个人所得税如何缴纳的问题。
股权转让缴纳个人所得税的计算方式为：应纳税额＝应纳税所得额×20%。应纳税所得额＝非货币性资产转让收入－资产原值－转让时按规定支付的合理税费。其中，资产原值为纳税人取得该项资产时实际发生的支出。纳税人以股权投资的，该股权原值确认依据为投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。合理税费是指纳税人在非货币性资产投资过程中发生的与资产转移相关的税金及合理费用。
根据上文所述，未实缴到位或未投入任何资金的股东持有的公司股权原值可能为0，但股权转让方与股权受让方协商的价格远远大于实际股权原值。在此，就需要进行资产评估，判断股权的公允价值。根据《财政部国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》《国家税务总局股权转让所得个人所得税管理办法》规定，以非货币性资产出资，应对非货币性资产评估作价，并据此入账，经评估后的公允价值，即为非货币性资产的转让收入。因此，若评估出的公允价值大于双方协商的转让价格，建议应纳税所得额以公允价值作为非货币性资产转让收入的计算基础。例如，若以房屋、土地作价入股，房屋、土地具有隐含增值部分，虽然隐含增值部分没有在净资产中体现，但评估机构却评估出来了，这就存在股权实际评估价格与公司股权实际净资产价值孰高孰低的问题，结果造成评估价大于实际净资产价值。若评估出的公允价值小于双方协商的转让价格，建议应纳税所得额以实际成交价作为非货币性资产转让收入的计算基础。
三、股权转让价格是否公允的认定标准
若股权转让过程中出现不公允价格交易，远低于或高于市场上同类资产的评估价值，会涉及主管税务机构进行纳税调整，进行穿透式风险核查，并要求做出解释。
（一）视为股权转让收入明显偏低的情形
按照国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法》第十二条规定，符合下列情形，视为股权转让收入明显偏低，即价格不够公允：
- 申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的。
- 申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
- 申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；
- 申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
- 不具合理性的无偿让渡股权或股份；
- 主管税务机关认定的其他情形。
（二）视为股权转让收入明显偏低有正当理由的情形
按照国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法》第十三条规定，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由： - 能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
- 继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
- 相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
- 股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。若当事人能够提供合理证据，应与税务机关积极沟通，提供相关证明，减少纳税负担。
根据上述法律规定，如何合理确定股权转让价款是股权转让双方关注的焦点问题之一，转让价格的高低直接对纳税产生影响。虽然法律规定了纳税义务人具有法定的纳税义务，但在商事交易中，根据双方协商约定，尊重双方意思自治原则，可以约定由受让方非纳税义务人承担纳税负担，即股权转让合同中可以设置税费由受让方全部承担的包税条款，但也应充分考虑包税条款带来的潜在风险。