根据《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定，企业合并是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
企业合并过程中被合并企业向合并企业转移各类资产，因该些资产的转移是企业整体产权的转移，且该些资产的转移对价并不仅仅以该些资产的价值决定，其中无形资产，如商誉等亦是重要的影响因素。故企业合并所涉及的税务问题与一般情况下资产的买卖并不相同。现本所就企业合并过程中所涉及的税收及处理方式作一梳理，供参考。
一、企业合并的税务处理原则
根据《税收征管法》的规定，根据企业合并方式的不同，合并企业和被合并企业要办理的税务登记变更事宜不同，具体如下：
吸收合并：一方增资扩股，一方注销。注销方要按企业清算处理，增资扩股方投入资产可以按照评估价格入账。
新设合并：被合并企业均视为注销，税务上都要进行清算。在清算时，要求提供关于各项资产和负债的评估机构出具的资产评估报告。对合并中的存续企业，可以仅对合并（投资）的资产，按照公允价格入账，原有的资产，不做税务处理。
两种合并方式涉及的税务变更分别如下：
合并方式 | 被合并企业 | 合并企业 |
吸收合并 | 注销税务登记 | 变更或新设税务登记 |
新设合并 | 注销税务登记 | 新设税务登记 |
二、企业合并所涉税种
（一）企业所得税
根据《企业重组业务企业所得税管理办法》的规定，企业合并的所得税处理分一般性税务处理和特殊性税务处理，且同一合并业务的当事各方应采取一致税务处理。现就两种税务处理方式的不同作如下分析：
对比事项 | 一般性税务处理 | 特殊性税务处理 |
判断标准 | 不符合特殊性税务处理原则即按一般处理 | （一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。 （二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例达到50%以上。 （三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。 （四）重组交易对价中涉及股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。 （五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。 |
合并企业计税基础 | 按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础 | 以被合并企业的原有计税基础确定 |
被合并企业股东计税基础 | 按清算进行所得税处理 | 被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定 |
亏损弥补 | 亏损不得在合并企业结转弥补 | 可由合并企业承继，弥补亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。 |
程序要求 | 未书面备案，均按一般处理 | 应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。 |
特殊性税务处理中的例外： | 非股权支付额仍应缴纳所得税，即仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应的资产的计税基础。 | |
同一控制：指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制且该控制并非暂时性的，即合并前后受最终控制方的控制均需在12个月以上。
原主要股东：原持有转让企业或被收购企业20%以上股权的股东。
（二）契税
《财政部、国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》（财税〔2012〕4号），两个或两个以上的公司，依据法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对其合并后的公司承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。
（三）印花税
根据财政部国家税务总局《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》财税[2003]183号文，以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。
（四）营业税
根据《国家税务总局公告2011年第51号――关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。
（五）增值税
根据《国家税务总局公告2011年第13号――关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债经多次转让后，最终的受让方与劳动力接收方为同一单位和个人的，仍适用《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）的相关规定，其中货物的多次转让行为均不征收增值税。资产的出让方需将资产重组方案等文件资料报其主管税务机关。
（六）土地增值税
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号），在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。
三、企业合并的税收优惠承继
根据《企业重组业务企业所得税管理办法》的规定，企业合并的税收优惠继承分为以下两个情况考虑：
（一）整体享受优惠
凡属于依照《税法》第五十七条规定中就企业整体（即全部生产经营所得）享受税收优惠过渡政策的，合并或分立后的企业性质及适用税收优惠条件未发生改变的，可以继续享受合并前各企业或分立前被分立企业剩余期限的税收优惠。合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。
（二）项目享受优惠
按照项目享受优惠的，按照应按照《企业所得税法实施条例》第八十九条规定执行，即“在减免税期限内转让减免税优惠项目的，受让方自受让之日起，可在剩余期限内享受规定的减免税优惠；减免税期限届满后转让的，则受让方不得就该项目重复享受优惠”。
四、企业合并需向税务机关报备的资料
当事方企业合并的总体情况说明，情况说明中应包括企业合并的商业目的；
企业合并的政府主管部门的批准文件；
企业合并各方当事人的股权关系说明；
被合并企业的净资产、各单项资产和负债及其账面价值和计税基础等相关资料；
证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括合并前企业各股东取得股权支付比例情况、以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；
工商部门核准相关企业股权变更事项证明材料；
主管税务机关要求提供的其他资料证明。
五、参考法律法规
《税收征管法》
《国家税务总局公告2010年第4号－－关于发布<企业重组业务企业所得税管理办法>的公告》
《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）
《财政部、国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》（财税〔2012〕4号）
《财政部国家税务总局《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）
《国家税务总局公告2011年第51号――关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》
《国家税务总局公告2011年第13号――关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》
《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第66号）
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）