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一、侦查阶段
犯罪地公安机关立案侦查，必要时，犯罪嫌疑人居住地公安机关立案侦查。
犯罪地包括：1.侵权产品制造地、储存地、运输地、销售地；2.传播侵权作品、销售侵权作品的网站服务器所在地、网络介入地、网站建立者或者管理者所在地；3.侵权作品上传者所在地，权利人收到实际侵害的犯罪结果发生地。
二、审查起诉阶段
2020年1月16日，根据江苏省人民检察院通知规定，由南京铁路运输检察院统一行使对南京市江北新区、玄武、秦淮、栖霞、浦口、江宁、六合、溧水、高淳等区知识产权刑事案件的审查逮捕和审查起诉权。南京铁检院负责南京市10家公安分局侦查的侵犯知识产权罪案件的审查逮捕和审查起诉工作，并将应当提起公诉的案件起诉至南京的5家人民法院。需要注意的是江宁分局移送的案件一部分会被起诉至南京市江宁区人民法院，一部分会被起诉至江宁经济技术开发区人民法院。
原鼓楼分局、雨花分局、建邺分局仍负责本辖区内的知识产权刑事案件侦查工作，仍分别移送至鼓楼区检察院、雨花区检察院、建邺区检察院，并分别起诉至江北新区人民法院、雨花台区人民法院、建邺区人民法院。
三、审判阶段
（一）鼓楼区检察院负责捕诉的知识产权刑事案件起诉至南京江北新区人民法院；
（二）南京铁路运输检察院负责捕诉的江北新区分局、浦口分局、六合分局侦办的知识产权刑事案件起诉至江北新区人民法院；
（三）南京铁路运输检察院负责捕诉的玄武分局、栖霞分局、南京经济技术开发分局侦办的知识产权刑事案件起诉至玄武区人民法院；
（四）南京铁路运输检察院负责捕诉的秦淮分局侦办的知识产权刑事案件起诉至建邺区人民法院；
（五）南京市铁路运输检察院负责捕诉的江宁分局侦办的知识产权刑事案件起诉至江宁区人民法院或者江宁经济技术开发区人民法院；
（六）南京市铁路运输检察院负责捕诉的溧水分局、高淳分局侦办的知识产权刑事案件起诉至江宁经济技术开发区人民法院；
（七）建邺区、雨花台区人民检察院负责捕诉的知识产权刑事案件起诉至建邺区、雨花台区人民法院；
另外，被害人有证据证明的侵犯知识产权刑事案件，直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理；严重危害社会秩序和国家利益的侵犯知识产权刑事案件，由人民检察院依法提起公诉。
中级人民法院知识产权审判庭审理本辖区内基层人民法院审结的知识产权行政、刑事上诉案件以及同级人民检察院抗诉的知识产权刑事案件。
附依据法律法规：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》
2.江苏省高级人民法院、江苏省人民检察院、江苏省公安厅《关于办理知识产权刑事案件若干程序问题的意见》
3.最高人民法院最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（二）
4.最高人民法院关于在全国法院推进知识产权民事、行政和刑事案件审判“三合一”工作的意见
5.苏高法〔2020〕83号《江苏省高级人民法院关于同意南京江北新区人民法院等管辖非技术类知识产权案件的批复》
6.《江苏省高级人民法院关于调整我省法院知识产权案件管辖的通知》