通过股权转让的方式进行土地增值税的纳税筹划是比较常见的操作方式，根据目前税收立法，没有关于股权转让需要缴纳土地增值税的法律规定，但是国税总局分别在2000、2009年和2011年以批复的形式，针对三个股权转让的案件作出回复，要求征收土地增值税。本文试以土地使用权转让和股权转让的不同入手，分析上述三个批复文件与上位法之间的契合，以期与业界探讨。
土地使用权是依照法定程序或依约定对国有土地或农民集体土地所享有的占有、使用、收益和有限处分的权利。土地使用权的转让是获得国有土地使用权的单位或个人，将土地使用权再转移的行为，包括出售、交换、赠与等。股权是股东基于其股东资格而享有的从公司获得经济利益并参与公司经营管理的权利，包括了投资受益权、表决权、选举管理的权利、公司经营建议权或质询权、知情权、股份或出资的转让权、剩余资产分配权等内容。股权转让是指公司股东依法将自己的股份让渡给他人，使他人成为公司股东的民事法律行为。
土地使用权转让与股权转让在实际操作中的不同，主要包括：
- 构成要件不同。土地转让的标的是实际资产，即土地使用权，转让的主体是土地使用权人。股权转让，转让的标的是虚拟的资本，即股东依法登记所享有的公司股份、股东权利和股东责任，绝不是公司名下的某项现实资产，如土地使用权。股东依法转让股权时，只是股东发生了变化，拥有土地使用权的公司法人并没有改变。
- 登记部门不同。土地使用权发生转让的，双方当事人应依法申请办理土地登记。 有限责任公司股权发生转让的，无需办理变更土地登记。3. 适用法律不同。土地使用权转让受《土地管理法》、《城市房地产管理法》、《物权法》、《土地管理法实施条例》等一系列与土地使用权转让有关的法律法规所调整。而股权转让则适用《公司法》、《证券法》等有关法律法规。 从上述区别来看，土地使用权的转让和股权转让分属于两个不同的范畴，不能因股权转让中的实体资产转让而认定规避了有关税费。
任何税费的征收，都应当是针对特定的交易而言的。公司是法人，享有独立的财产权。公司名下的土地使用权及其附着物属于公司的财产，股东发生变化，但公司作为独立的法律实体仍然存在，并没有取消，也没有与股东的财产发生混同，以其财产对外承担责任也未发生变化。因此，股权转让并不直接导致法人财产权发发生转移。
税务机关在做出上述三个批复时，将公司法人人格否认制度运用到了税法实践中。但笔者观点，在股权转让的具体案件中，公司法人人格否认制度的运用并不一定是恰当的。公司法人人格否认是指为了阻止公司独立人格的滥用，保护公司债权人利益和社会公共利益，在具体法律关系中的特定事实，否定公司与其背后的股东各自独立的人格及股东的有限责任，责令公司的股东对公司债权人或公共利益直接负责。而在税法领域则主要表现为利用公司规避法律义务和公司法人人格形骸化。利用公司规避纳税义务主要表现在：利用公司转移收入、享受税收优惠、增加扣除额，加大损失计算额等。公司法人人格的形骸化是指公司与股东完全混同，股东滥用控制权的行为。从税收管理角度，公司法人人格的形骸化主要是指：公司财产与股东财产混同；股东实施重大偷骗税等涉税违法行为并转移公司财产或非正常注销公司；负有税收债务时，转移公司财产；关联公司间财产混同，造成其中负有税收债务的公司无清偿能力等。因此，在理论上来说，在税收征管中否认公司法人人格至少需要两个要素，即公司财产与股东个人财产发生了混同，同时公司法人格的滥用，侵害了税收债权，滥用行为与税收债权侵害之间具有直接因果关系。即，正因为股东的滥用行为，使得税务债务无法清偿，包括公司责任财产减少或公司人格消亡，同时控制股东应从中获取利益。但在股权转让缴纳土地增值税的案例中，公司与股东个人的财产并没有混同，各自为独立的财产。同时，以股权转让的方式并不能避免土地增值税的缴纳，在日后土地的流转过程中，虽然股东发生了变化，但公司本身仍需就土地增值的部分缴纳增值税。因此，可以说，股权转让也并没有侵害税收债权。
土地增值税的征收应当遵循税收法定的基本原则。土地增值税条例第二条规定，转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人。在股权转让中，公司名下的财产权并没有发生转移，也没有到相关部门办理物权变更登记，所以没有产生不动产无权变动的事实行为。从土地增值税的征税对象来说，只有不动产无权转让的行为能成为土地增值税的增税对象，股权转让的行为并不能成为土地增值税的征税对象。除非有法律明文规定或者授权，否则任何部门和人都不能任意为自己创设权力或对法律进行扩大性阐释。
税法中“法人人格否认制度”的运用，意味着税务机关为了实现税收职责而扩展责任范围，意味着为了税收责任而突破了有限责任原则，运用不当将增加纳税主体的税收负担，违反税法的公平课税原则和量能课税原则。税务机关课税的基础和前提是税收法定，应该严格按照税法的规定进行税收征管，严格限制自由裁量权，不应该对税法文件做扩大解释。